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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001553

染色体: Chr08 坐标: 12743080-12744870 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001553
名称SmilChr08G001553
描述uncharacterized SmilChr08G001553
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向12743080 - 12744870 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001096
GeneID131001096
locus_tag-
NCBI NameLOC131001096
原始查询LOC131001096

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834383]; symbol=TZP; hit=AT5G43630; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834383]; symbol=TZP; hit=AT5G43630; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G43630 (TZP)
zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834383]
identity=40; qcov=0.422; evalue=3.39e-24; confidence=low
RiceOs01g0775100 (P0490D09.29-2)
-
identity=41.9; qcov=0.388; evalue=1.72e-22; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding)
KEGG-
PfamPF03126 (Plus-3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001096

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783290.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783290.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783290.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783290.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057783290.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:12744215 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B118,B134,B18,C79
Chr8:12744418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr8:12744665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783290.1
321 aa
N
1
160
321
Plus-3
C
PF03126 Plus-3 206-295 aa
XP_057783291.1
321 aa
N
1
160
321
Plus-3
C
PF03126 Plus-3 206-295 aa
XP_057783292.1
320 aa
N
1
160
320
Plus-3
C
PF03126 Plus-3 205-294 aa
XP_057783293.1
320 aa
N
1
160
320
Plus-3
C
PF03126 Plus-3 205-294 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783290.1 Pfam PF03126 Plus-3 Domain 206 295 4.9e-10 40.6 Plus-3 domain
XP_057783291.1 Pfam PF03126 Plus-3 Domain 206 295 4.9e-10 40.6 Plus-3 domain
XP_057783292.1 Pfam PF03126 Plus-3 Domain 205 294 4.8e-10 40.6 Plus-3 domain
XP_057783293.1 Pfam PF03126 Plus-3 Domain 205 294 4.8e-10 40.6 Plus-3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927308.1
GGCATGATATGTAGATTTGGACATAGCGAAATGAGAGAATGTAAATAATTAGTTGAGGATGAAAAGCGAATACGTAGATACGGTGTATTTAGGGGCATGCAGTGGAAGTATTAGTATAGCCTAGCCTAGCCTAGGACGTGGATGTAACTCAGCCATTACTGCTTCAAACTCATACTCTCACACTTACCTATGTGTCCGTCTCAGATAAAGAGCTACCGCCTTTCTTTATACTCACAATCATAAGCCAACATAGCTAGAGA...
XM_057927307.1
GGCATGATATGTAGATTTGGACATAGCGAAATGAGAGAATGTAAATAATTAGTTGAGGATGAAAAGCGAATACGTAGATACGGTGTATTTAGGGGCATGCAGTGGAAGTATTAGTATAGCCTAGCCTAGCCTAGGACGTGGATGTAACTCAGCCATTACTGCTTCAAACTCATACTCTCACACTTACCTATGTGTCCGTCTCAGATAAAGAGCTACCGCCTTTCTTTATACTCACAATCATAAGCCAACATAGCTAGAGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131001096
ATGGGGAATGTAAAGGAGAAGGATGTGAGAAGAGAAGTGGTTAGGGGTGAAGGTGCAAGTGTAAATGCAGAGTCAAGTCTGAAGCTGCCTTATAGAGCAGCAGCTGATCCTGTGTCTGAATTAGTGTGGTCGCCGCACACTGGCTTGACTCTCAAATCTGCGAATCCAGATCTTAGGAAGCCCCTTCTCCTCTGGAATGTGGGGCCGGGCCCAGCTGGAGATGAATATGGAGATGGAGATGGAGATCATCATCACATCAT...
LOC131001096
ATGGGGAATGTAAAGGAGAAGGATGTGAGAAGAGAAGTGGTTAGGGGTGAAGGTGCAAGTGTAAATGCAGAGTCAAGTCTGAAGCTGCCTTATAGAGCAGCAGCTGATCCTGTGTCTGAATTAGTGTGGTCGCCGCACACTGGCTTGACTCTCAAATCTGCGAATCCAGATCTTAGGAAGCCCCTTCTCCTCTGGAATGTGGGGCCGGGCCCAGCTGGAGATGAATATGGAGATGGAGATGGAGATCATCATCACATCAT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057783290.1
MGNVKEKDVRREVVRGEGASVNAESSLKLPYRAAADPVSELVWSPHTGLTLKSANPDLRKPLLLWNVGPGPAGDEYGDGDGDHHHIIIDPAAKGKELAAEAISGTGSRRRSEGEAMKRKICDGSLMKWISNIATKQDSLSPLPLPLGKGKEIVEESPMAMPMPMACVFARRLRNITWGAHHCPTVTKSKKKKRREQVNEEMMFDAIRNLRLSRADIIRWMNSEAPISQLKGYFVRLRMGMGNQSTCYYVACITGDDVAQN...
XP_057783291.1
MGNVKEKDVRREVVRGEGASVNAESSLKLPYRAAADPVSELVWSPHTGLTLKSANPDLRKPLLLWNVGPGPAGDEYGDGDGDHHHIIIDPAAKGKELAAEAISGTGSRRRSEGEAMKRKICDGSLMKWISNIATKQDSLSPLPLPLGKGKEIVEESPMAMPMPMACVFARRLRNITWGAHHCPTVTKSKKKKRREQVNEEMMFDAIRNLRLSRADIIRWMNSEAPISQLKGYFVRLRMGMGNQSTCYYVACITGDDVAQN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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