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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001587

染色体: Chr08 坐标: 13110992-13118439 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001587
名称SmilChr08G001587
描述protein NETWORKED 1A-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向13110992 - 13118439 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001132
GeneID131001132
locus_tag-
NCBI NameLOC131001132
原始查询LOC131001132

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NETWORKED 1A-like
产物protein NETWORKED 1A-like
ArabidopsisAT3G22790 (NET1A)
Kinase interacting (KIP1-like) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821850]
identity=41.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
RiceOs03g0161100
-
identity=25.5; qcov=0.879; evalue=1.12e-82; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0051015 (actin filament binding)
KEGG-
PfamPF07765 (KIP1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001132

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057783365.1
2 Phragmoplast Phragmoplast 0.40000 XP_057783365.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057783365.1
4 Spindle Spindle 0.20000 XP_057783365.1
5 Spindle pole Spindle pole 0.20000 XP_057783365.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:13111457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:13111516 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:13111688 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr8:13111718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr8:13112506 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B22,B61
Chr8:13112649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr8:13112700 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C31
Chr8:13112700 ATC A 2bp_deletion CDS_variant 1 C31
Chr8:13112703 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C31
Chr8:13112703 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 C31
Chr8:13112858 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 C15,C30
Chr8:13112858 AG A 1bp_deletion CDS_variant 2 C15,C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783365.1
1801 aa
N
1
900
1801
KIP1
C
PF07765 KIP1 14-87 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783365.1 Pfam PF07765 KIP1 Family 14 87 8.4e-37 125.9 KIP1-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927382.1
ATTGAAAATCCCAATTAAGGAAATTATAACGTATATTTTCCAGCATTTTTCGACCATCCCATATTTCGTACTTACACACAACACACACAGAGTTAATCTTACATGTTGATATATACATACCTGAATTTATACAAAGATAAAAATTGTAATATAGTGTACTTTTTCAGATTTTACAGTTCATTCTGAGGTTTGTCTGCACCAACCAGAACCCGTGCTTGATAATGAAAATGCAGACTAGACTTTAGAGAGAGAGAGAGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001132
ATGGCCAACTTATCTCATTCTGAATCGAGACGATTGTATTCATGGTGGTGGGATAGCCACAACACCCCAAAGAACTCAAAATGGCTCCAGCAAAATATCACAGATATGGACGGCAAGGTGAAGTGCATGATCAAACTCATCGAAGAAGATGCAGATTCATTTGCTAGACGGGCTGAAATGTACTACAAGAAACGCCCAGAGTTGATGAAACTGGTTGAGGAGTTCTACCGTGCCTACCGTGCATTAGCTGAAAGATATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783365.1
MANLSHSESRRLYSWWWDSHNTPKNSKWLQQNITDMDGKVKCMIKLIEEDADSFARRAEMYYKKRPELMKLVEEFYRAYRALAERYNHATGELRHAHRTIAAAFPDEVPFELVDEGDVDHMLENTRASSTSDQEDSDGGMKKRGLKQLQEMFGLKETSPQGSSSADIRSRRGQKREEGSQDAVVQLSTENQNLKDKIVSETERAGKAEIEVCSLKKALADMEVEKEDILLQYQQCLKNLLEIEGELRHAQMDSTRLNEKA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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