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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001604

染色体: Chr08 坐标: 13291036-13293307 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001604
名称SmilChr08G001604
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22670, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向13291036 - 13293307 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001139
GeneID131001139
locus_tag-
NCBI NameLOC131001139
原始查询LOC131001139

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22670, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22670%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT3G22670 (AT3G22670)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821838]
identity=47.5; qcov=0.903; evalue=1.24e-156; confidence=high
RiceOs03g0746400
-
identity=44.2; qcov=0.787; evalue=8.59e-140; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001139

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057783383.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783383.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783383.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783383.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783383.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:13291481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr8:13291533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B136,B51,B61
Chr8:13291599 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,C11,C69
Chr8:13291739 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:13291797 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C16
Chr8:13292145 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A7,B137,B40,C33
Chr8:13292300 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr8:13292388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr8:13292581 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A7,B135,B40,C33
Chr8:13292591 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:13292712 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B96,C51
Chr8:13292753 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B109,B131,B97

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783383.1
567 aa
N
1
284
567
PPR
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_long
TPR_24
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_long
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
C
PF01535 PPR 191-216 aa PF01535 PPR 231-254 aa PF12854 PPR_1 288-319 aa PF13041 PPR_2 290-339 aa PF01535 PPR 293-323 aa PF17177 PPR_long 309-412 aa PF23276 TPR_24 311-421 aa PF13812 PPR_3 314-372 aa PF13041 PPR_2 326-374 aa PF01535 PPR 328-358 aa PF12854 PPR_1 356-389 aa PF13041 PPR_2 360-407 aa PF01535 PPR 363-393 aa PF13812 PPR_3 374-409 aa PF17177 PPR_long 381-543 aa PF13041 PPR_2 395-439 aa PF01535 PPR 400-428 aa PF13812 PPR_3 419-477 aa PF01535 PPR 434-463 aa PF13041 PPR_2 434-478 aa PF13812 PPR_3 489-544 aa PF12854 PPR_1 504-528 aa PF01535 PPR 504-533 aa PF13041 PPR_2 504-547 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783383.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 191 216 3.2e-56 184.4 PPR repeat
XP_057783383.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 231 254 3.2e-56 184.4 PPR repeat
XP_057783383.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 288 319 7e-55 183.2 PPR repeat
XP_057783383.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 290 339 3.5e-73 242.2 PPR repeat family
XP_057783383.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 293 323 3.2e-56 184.4 PPR repeat
XP_057783383.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 309 412 5.4e-27 95.3 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057783383.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 311 421 3.1e-23 82.8 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057783383.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 314 372 2.7e-47 159.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057783383.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 326 374 3.5e-73 242.2 PPR repeat family
XP_057783383.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 328 358 3.2e-56 184.4 PPR repeat
XP_057783383.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 356 389 7e-55 183.2 PPR repeat
XP_057783383.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 360 407 3.5e-73 242.2 PPR repeat family
XP_057783383.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 363 393 3.2e-56 184.4 PPR repeat
XP_057783383.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 374 409 2.7e-47 159.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057783383.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 381 543 5.4e-27 95.3 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057783383.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 395 439 3.5e-73 242.2 PPR repeat family
XP_057783383.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 400 428 3.2e-56 184.4 PPR repeat
XP_057783383.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 419 477 2.7e-47 159.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057783383.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 434 463 3.2e-56 184.4 PPR repeat
XP_057783383.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 434 478 3.5e-73 242.2 PPR repeat family
XP_057783383.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 489 544 2.7e-47 159.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057783383.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 504 528 7e-55 183.2 PPR repeat
XP_057783383.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 504 533 3.2e-56 184.4 PPR repeat
XP_057783383.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 504 547 3.5e-73 242.2 PPR repeat family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927400.1
TTACTCAATTTATTTAAAAAGGCTATTCTATATTTTGAGGTTTTCAATCAACACCACCGTTTCCGAAACCCTGAAATTCAGAGTCGATTAAATGTGCTGCAAGCACTTTCAGGTGCTTCTCTCTCTCTCTCAAGGTGTGGGCAGGGCAGACGAGAAGCGTTGAAATTTCATTTTGTATAAATTTGAAAACTGAGAATGTTGTCAAAGTCGAAGATTTTCAACTGTTCGTCGCTGCGGCAGGCTTCATTTTCCTTAAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001139
ATGTTGTCAAAGTCGAAGATTTTCAACTGTTCGTCGCTGCGGCAGGCTTCATTTTCCTTAAAGAATATTTATACAGGAGACTATGCTATTAATGTAAATGGAGTTAGGTCTGCATTGCTCAATAGGTTTTGCACTGTTGCTGAGCCACTGAAAGCCGATGCCTTACCAACAGCGGATGAGTCGCCTGAGCTTCCCGATTGGGTTAAATCTTCTGGTGAGGAGGCGGAGACGGAGCAGACACGTGCTAAGAGGTTGAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783383.1
MLSKSKIFNCSSLRQASFSLKNIYTGDYAINVNGVRSALLNRFCTVAEPLKADALPTADESPELPDWVKSSGEEAETEQTRAKRLKNDDFVPPSVSYWIENHKIHAQDVDMKSVVNDIVETDIDKVSEILKNHHFESPDSVVKALEGCDVNVSESLVEQVLRRFSCDWIPAFGFFKWAEMHKGSTHSAHLYNLMVDNLGRARKFDVMWELVGEMKSVEGYVTLNTITKIVRRLARAGKYDDAVEVFEKMEVYGVEKDITA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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