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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001605

染色体: Chr08 坐标: 13293504-13299485 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001605
名称SmilChr08G001605
描述DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH16, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向13293504 - 13299485 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001141
GeneID131001141
locus_tag-
NCBI NameLOC131001141
原始查询LOC131001141

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH16, mitochondrial-like
产物DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH16%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT4G14790 (ATSUV3)
ATP-dependent RNA helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827134]
identity=73.3; qcov=0.888; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0746500 (OsSUV3)
-
identity=68.9; qcov=0.96; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000965 (mitochondrial RNA 3'-end processing); GO:0003724 (RNA helicase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006401 (RNA catabolic process); GO:0016817 (hydrolase activity, acting on acid anhydrides); GO:0045025 (mitochondrial degradosome)
KEGG-
PfamPF00271 (Helicase_C); PF12513 (SUV3_C); PF18147 (Suv3_C_1); PF22527 (DEXQc_Suv3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001141

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057783385.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057783385.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783385.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783385.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783385.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:13293919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr8:13294432 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B104
Chr8:13294432 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B104
Chr8:13296095 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C22
Chr8:13297122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,C33
Chr8:13297988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,B70,C16
Chr8:13298494 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B114
Chr8:13298494 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783385.1
555 aa
N
1
278
555
DEXQc_Suv3
Helicase_C
Suv3_C_1
SUV3_C
C
PF22527 DEXQc_Suv3 60-213 aa PF00271 Helicase_C 233-338 aa PF18147 Suv3_C_1 420-461 aa PF12513 SUV3_C 487-532 aa
XP_057783386.1
552 aa
N
1
276
552
DEXQc_Suv3
Helicase_C
Suv3_C_1
SUV3_C
C
PF22527 DEXQc_Suv3 57-210 aa PF00271 Helicase_C 230-335 aa PF18147 Suv3_C_1 417-458 aa PF12513 SUV3_C 484-529 aa
XP_057783387.1
552 aa
N
1
276
552
DEXQc_Suv3
Helicase_C
Suv3_C_1
SUV3_C
C
PF22527 DEXQc_Suv3 60-213 aa PF00271 Helicase_C 233-338 aa PF18147 Suv3_C_1 420-461 aa PF12513 SUV3_C 487-532 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783385.1 Pfam PF22527 DEXQc_Suv3 Domain 60 213 2.7e-64 216.1 DEXQ-box helicase domain of Suv3
XP_057783385.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 233 338 1e-12 49.0 Helicase conserved C-terminal domain
XP_057783385.1 Pfam PF18147 Suv3_C_1 Domain 420 461 8.9e-11 42.3 Suv3 C-terminal domain 1
XP_057783385.1 Pfam PF12513 SUV3_C Domain 487 532 2.6e-15 56.7 ATP-dependent RNA helicase SUV3 C-terminal domain
XP_057783386.1 Pfam PF22527 DEXQc_Suv3 Domain 57 210 2.7e-64 216.1 DEXQ-box helicase domain of Suv3
XP_057783386.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 230 335 9.9e-13 49.0 Helicase conserved C-terminal domain
XP_057783386.1 Pfam PF18147 Suv3_C_1 Domain 417 458 8.8e-11 42.3 Suv3 C-terminal domain 1
XP_057783386.1 Pfam PF12513 SUV3_C Domain 484 529 2.5e-15 56.7 ATP-dependent RNA helicase SUV3 C-terminal domain
XP_057783387.1 Pfam PF22527 DEXQc_Suv3 Domain 60 213 2.7e-64 216.1 DEXQ-box helicase domain of Suv3
XP_057783387.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 233 338 9.9e-13 49.0 Helicase conserved C-terminal domain
XP_057783387.1 Pfam PF18147 Suv3_C_1 Domain 420 461 8.8e-11 42.3 Suv3 C-terminal domain 1
XP_057783387.1 Pfam PF12513 SUV3_C Domain 487 532 2.5e-15 56.7 ATP-dependent RNA helicase SUV3 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927402.1
GTTCTCATCCTTGAGGACCTAACTGTAAAATTCTCCTTCTTCCATTAAACAGATTTCAAGCTAAACAGAGAAGCCAAACATTTTCGGAGTCGGCGGGTTAACGCCGAAATTCTTCCTTCGCCTCCACTAAAATCTCGCGCCACCAATTTTCCCAATATATCGATATTTAGTTTTTCCCTATCATGACAACCTCCATTTGATTTGGCTCCGAACCTTGCGAAATTTACACTTTAATTAAGGATAATACTCAAATGAGCTCC...
XM_057927404.1
CAAACATTTTCGGAGTCGGCGGGTTAACGCCGAAATTCTTCCTTCGCCTCCACTAAAATCTCGCGCCACCAATTTTCCCAATATATCGATATTTAGTTTTTCCCTATCATGACAACCTCCATTTGATTTGGCTCCGAACCTTGCGAAATTTACACTTTAATTAAGGATAATACTCAAATGAGCTCCTTGCTTTTCCGCAGGAGGATTTCTCCGTCATTGCTTCCCGATAATACAGATGTCTATTACTCTAGGTGGGAGTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131001141
ATGAGCTCCTTGCTTTTCCGCAGGAGGATTTCTCCGTCATTGCTTCCCGATAATACAGATGTCTATTACTCTAGGTGGGAGTCGAAGTTTAGAACTTCGTGTGCCATCTATCAATGCATACGGAAACTCAGCAGCTATAGAACGAGTTCGAAGTTTGATTTTACAGACCTCACGCGTCCTCATACATGGTATCCTGTTGCTCGACGAAAGAAACGGAATGTAATATTGCATGTTGGTCCAACAAATAGTGGCAAAACATA...
LOC131001141
ATGAGCTCCTTGCTTTTCCGCAGGAGGATTTCTCCGTCATTGCTTCCCGATGTCTATTACTCTAGGTGGGAGTCGAAGTTTAGAACTTCGTGTGCCATCTATCAATGCATACGGAAACTCAGCAGCTATAGAACGAGTTCGAAGTTTGATTTTACAGACCTCACGCGTCCTCATACATGGTATCCTGTTGCTCGACGAAAGAAACGGAATGTAATATTGCATGTTGGTCCAACAAATAGTGGCAAAACATATCATGCTCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057783385.1
MSSLLFRRRISPSLLPDNTDVYYSRWESKFRTSCAIYQCIRKLSSYRTSSKFDFTDLTRPHTWYPVARRKKRNVILHVGPTNSGKTYHALKRLESSPSGIYCGPLRLLAWEVAQRLNKAKVPCELITGQEREEIDGAKHKAVTVEMSDVNSDYSCAVVDEIQMLGCRTRGFSFTRALLGICADELHLCGDPAAVPLVKEMLKVTDDVVEVKYYERLSPLVPLDVPLGSFSKIQTGDCIVTFSRYEIYKMKRLIEDQRQHL...
XP_057783386.1
MSSLLFRRRISPSLLPDVYYSRWESKFRTSCAIYQCIRKLSSYRTSSKFDFTDLTRPHTWYPVARRKKRNVILHVGPTNSGKTYHALKRLESSPSGIYCGPLRLLAWEVAQRLNKAKVPCELITGQEREEIDGAKHKAVTVEMSDVNSDYSCAVVDEIQMLGCRTRGFSFTRALLGICADELHLCGDPAAVPLVKEMLKVTDDVVEVKYYERLSPLVPLDVPLGSFSKIQTGDCIVTFSRYEIYKMKRLIEDQRQHLCSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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