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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001602

染色体: Chr08 坐标: 13269976-13273013 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001602
名称SmilChr08G001602
描述protein XRI1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向13269976 - 13273013 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001144
GeneID131001144
locus_tag-
NCBI NameLOC131001144
原始查询LOC131001144

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein XRI1-like
产物protein XRI1-like
ArabidopsisAT5G48720 (XRI1)
x-ray induced transcript 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834930]
identity=46.7; qcov=1.03; evalue=8.46e-78; confidence=high
RiceOs01g0918100
-
identity=36.5; qcov=1.06; evalue=2.71e-46; confidence=medium
GOGO:0007140 (male meiotic nuclear division); GO:0007143 (female meiotic nuclear division)
KEGG-
PfamPF27749 (XRI1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001144

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783393.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783393.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783393.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783393.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057783393.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783393.1
296 aa
N
1
148
296
XRI1_C
C
PF27749 XRI1_C 262-296 aa
XP_057783394.1
296 aa
N
1
148
296
XRI1_C
C
PF27749 XRI1_C 262-296 aa
XP_057783395.1
295 aa
N
1
148
295
XRI1_C
C
PF27749 XRI1_C 261-295 aa
XP_057783396.1
291 aa
N
1
146
291
XRI1_C
C
PF27749 XRI1_C 257-291 aa
XP_057783397.1
291 aa
N
1
146
291
XRI1_C
C
PF27749 XRI1_C 257-291 aa
XP_057783398.1
290 aa
N
1
145
290
XRI1_C
C
PF27749 XRI1_C 256-290 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783393.1 Pfam PF27749 XRI1_C Domain 262 296 1.1e-19 70.5 XRI1 C-terminal domain
XP_057783394.1 Pfam PF27749 XRI1_C Domain 262 296 1.1e-19 70.5 XRI1 C-terminal domain
XP_057783395.1 Pfam PF27749 XRI1_C Domain 261 295 1.1e-19 70.5 XRI1 C-terminal domain
XP_057783396.1 Pfam PF27749 XRI1_C Domain 257 291 1e-19 70.5 XRI1 C-terminal domain
XP_057783397.1 Pfam PF27749 XRI1_C Domain 257 291 1e-19 70.5 XRI1 C-terminal domain
XP_057783398.1 Pfam PF27749 XRI1_C Domain 256 290 1e-19 70.5 XRI1 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927411.1
GACACAATTTCTGTATTTATGCCTACATGTATATATGCGGTTCATGATATATAGTAGTATTTGTTTTATATGGGTTTCATCTATACATTTTATATCTGAGGATAGAGCGGTGTTGTCTGATTTAGAACACTGTTTACTTTTATTGTTTTTAAATATTTTTGGAGGAAGGAAAAATTTTGCAGGAAGAGAAGATGAGCTACAACAATGGCAGTGACATGTGGGATTGGCGAGGTCAGGTTTATTCTCTTGAAGATCACACT...
XM_057927414.1
ACACAATTTCTGTATTTATGCCTACATGTATATATGCGGTTCATGATATATAGTAGTATTTGTTTTATATGGGTTTCATCTATACATTTTATATCTGAGGATAGAGCGGTGTTGTCTGATTTAGAACACTGTTTACTTTTATTGTTTTTAAATATTTTTGGAGGAAGGAAAAATTTTGCAGGAAGAGAAGATGAGCTACAACAATGGCAGTGACATGTGGGATTGGCGAGGTCAGGTTTATTCTCTTGAAGATCACACTA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131001144
ATGAGCTACAACAATGGCAGTGACATGTGGGATTGGCGAGGTCAGGTTTATTCTCTTGAAGATCACACTAGCATAGAAGCATCTAAATCCCTTTTGAATGAAGTGGAACACAATGTAGATCATATCTCTTATATGTTTGACAATGAGACTACCCCGGTCAAGGCTTGCGGAGACGTAGCTTATTATGTTTCCAACAATGAGACGACAGGGAAAGAGTCGGAGCTATACAGGGAACACTCCTCTCAAGTGAAAAGGCGCAG...
LOC131001144
ATGAGCTACAACAATGGCAGTGACATGTGGGATTGGCGAGGTCAGGTTTATTCTCTTGAAGATCACACTAGCATAGAAGCATCTAAATCCCTTTTGAATGAAGTGGAACACAATGTAGATCATATCTCTTATATGTTTGACAATGAGACTACCCCGGTCAAGGCTTGCGGAGACGTAGCTTATTATGTTTCCAACAATGAGACGACAGGGAAAGAGTCGGAGCTATACAGGGAACACTCCTCTCAAGTGAAAAGGCGCAG...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057783393.1
MSYNNGSDMWDWRGQVYSLEDHTSIEASKSLLNEVEHNVDHISYMFDNETTPVKACGDVAYYVSNNETTGKESELYREHSSQVKRRRMLQFESEVLETPLCNEELLRSKETQQTLEAAISDMSQWVAGFTDGMPAASTECLDPSSEGWITDCFNEAEMHLCNEDFTSACEAPDVQIDVTELCKTAPEIEANLVENNLTTPRNIVFKGTKSFMRTPPKLASSVIYPFTFIKPCGVLGDTTLKDINQRIHNPPKPKPEEDDP...
XP_057783394.1
MSYNNGSDMWDWRGQVYSLEDHTSIEASKSLLNEVEHNVDHISYMFDNETTPVKACGDVAYYVSNNETTGKESELYREHSSQVKRRRMLQFESEVLETPLCNEELLRSKETQQTLEAAISDMSQWVAGFTDGMPAASTECLDPSSEGWITDCFNEAEMHLCNEDFTSACEAPDVQIDVTELCKTAPEIEANLVENNLTTPRNIVFKGTKSFMRTPPKLASSVIYPFTFIKPCGVLGDTTLKDINQRIHNPPKPKPEEDDP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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