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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004289

染色体: Chr01 坐标: 61094114-61095645 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004289
名称SmilChr01G004289
描述uncharacterized SmilChr01G004289
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61094114 - 61095645 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001145
GeneID131001145
locus_tag-
NCBI NameLOC131001145
原始查询LOC131001145

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述rho GTPase-activating gacO-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824962]; symbol=AT3G57930; hit=AT3G57930; species=arabidopsis; confidence=medium
产物rho GTPase-activating gacO-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824962]; symbol=AT3G57930; hit=AT3G57930; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G57930 (AT3G57930)
rho GTPase-activating gacO-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824962]
identity=51; qcov=1.02; evalue=6.98e-29; confidence=medium
RiceOs02g0717200
-
identity=37.1; qcov=1; evalue=5.27e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001145

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783400.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057783400.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057783400.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783400.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783400.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:61095086 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr1:61095261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,C74,D11
Chr1:61095352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927417.1
CTTCCACAGCTCTTCTTCCCACTACACAGTTGTTCCAAAATTTCCTTATTTTCTCTTTCCCTGCTGTTGCAGACTTGCCTCCCTCTACTCACTACTTAAGCTTAATTTCAACCTTCAATTGGGGGAAAAATTTTAATCTTTTTTAATCCCACTTCATTTTCTGAATCCCTTTCTCATTCCCGTATGTTTTCTTGATCTGGGCATTCGGTTTTCTGAGTCGGATCAATTTTTCTTCCATAATTTACATCTACTCTTCATCT...
XM_057927424.1
CTCTTCTTCCCACTACACAGTTGTTCCAAAATTTCCTTATTTTCTCTTTCCCTGCTGTTGCAGACTTGCCTCCCTCTACTCACTACTTAAGCTTAATTTCAACCTTCAATTGGGGGAAAAATTTTAATCTTTTTTAATCCCACTTCATTTTCTGAATCCCTTTCTCATTCCCGTATGTTTTCTTGATCTGGGCATTCGGTTTTCTGAGTCGGATCAATTTTTCTTCCATAATTTACATCTACTCTTCATCTATCTACTTC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131001145
ATGGGTAGAGGGAGAGGAAAAGGAAGGAAACAGTCTGCAGTTGCTGATCATGATGATACTGCAAGTGGCGAGGATGAGAAGTTGCCGATGAGGAGAAGAGGAAGGCCACATAAGCCATTGAAAGGTGAAGTCGAGGAAGAGGATAAAATCGTGATGACAGAGAAGGAGGATGATGATGCGGAGGAAACAAAGAAATCAGCATTGAGTAAAAGTAAGAGAAACCAAGCTGCTGCAGAGAATGGCAGGAAGAGGAAGAGAGC...
LOC131001145
ATGGGTAGAGGGAGAGGAAAAGGAAGGAAACAGTCTGCAGTTGCTGATCATGATGATACTGCAAGTGGCGAGGATGAGAAGTTGCCGATGAGGAGAAGAGGAAGGCCACATAAGCCATTGAAAGGTGAAGTCGAGGAAGAGGATAAAATCGTGATGACAGAGAAGGAGGATGATGATGCGGAGGAAACAAAGAAATCAGCATTGAGTAAAAGTAAGAGAAACCAAGCTGCTGCAGAGAATGGCAGGAAGAGGAAGAGAGC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057783400.1
MGRGRGKGRKQSAVADHDDTASGEDEKLPMRRRGRPHKPLKGEVEEEDKIVMTEKEDDDAEETKKSALSKSKRNQAAAENGRKRKRASHIEENAETVKEENGVGAKASATDLIKSVGYRPNGSRRKNKPRRAAEVGVECQ
XP_057783407.1
MGRGRGKGRKQSAVADHDDTASGEDEKLPMRRRGRPHKPLKGEVEEEDKIVMTEKEDDDAEETKKSALSKSKRNQAAAENGRKRKRASHIEENAETVKEENGVGAKASATDLIKSVGYRPNGSRRKNKPRRAAEVGVECQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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