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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001616

染色体: Chr08 坐标: 13387134-13391206 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001616
名称SmilChr08G001616
描述folate-biopterin transporter 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向13387134 - 13391206 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001159
GeneID131001159
locus_tag-
NCBI NameLOC131001159
原始查询LOC131001159

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述folate-biopterin transporter 1, chloroplastic-like
产物folate-biopterin transporter 1%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G32040 (AT2G32040)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817764]
identity=80; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0172900 (P0496D04.34-1)
-
identity=78.2; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF03092 (BT1); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001159

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057783418.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057783418.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057783419.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783418.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783418.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:13387295 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 6 A2,B101,B126,B54,B7,C58
Chr8:13387310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,B32
Chr8:13387315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,C11,C69
Chr8:13387333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C77
Chr8:13387335 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:13387339 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B131,B41,B99,C87
Chr8:13387381 G GAC 2bp_insertion frameshift_variant 2 B138,B77
Chr8:13387381 G GAC 2bp_insertion CDS_variant 2 B138,B77
Chr8:13388253 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B134,C11,C69,C85
Chr8:13388297 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B134,C11,C69
Chr8:13389108 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,C44,C66
Chr8:13389164 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783418.1
546 aa
N
1
273
546
BT1
MFS_1
C
PF03092 BT1 125-538 aa PF07690 MFS_1 134-484 aa
XP_057783419.1
427 aa
N
1
214
427
BT1
MFS_1
C
PF03092 BT1 6-419 aa PF07690 MFS_1 17-365 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783418.1 Pfam PF03092 BT1 Family 125 538 2.8e-146 488.4 BT1 family
XP_057783418.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 134 484 6.2e-16 59.0 Major Facilitator Superfamily
XP_057783419.1 Pfam PF03092 BT1 Family 6 419 1.2e-146 489.6 BT1 family
XP_057783419.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 17 365 1.5e-16 61.0 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927435.1
AGTCTTTTCAACGTTGTTTCTCATAATTAGATAACGACTAGTTTCCTCTTCCTCTCCCCCGAGCTCTACTTTCCGTTAATGGCAACGAGAACGTTGAGCTCCACTCAGTTCCCAATCTTACCCTCGCCACCCTTTCTATCCCTCTCTCCACGCCTCGGTCACTCCTACCGCAAACCGCCGCCCGCCGCCTCCATCATCCGCCGCAGGTTCCGGCTGAAACCACCTCCTGATTCAGCCATATATATCCGGCGTGACTCCGA...
XM_057927436.1
AACTCTTGGAGATATTGAATTCGCAGATAAAGAGATAGAAGCTGGTTTCCGGCGGAGAGTGGTAGAGAATGAAATCGCGTGTTCTGTTTTCGCTCGTTTTCTGAGAGTAATGTAACGTGGAAACATCTATATTCGATTAGGGGAGGGAGATGTGATAACGAGCACTGCAGATAAAGATGTCACATCATCGAGCAAAGCATCCTTGTACAAGAAAGGAAATCCCACCAACTCCATTGGATTGTTTGGGGTCGACTTAACTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001159
ATGGCAACGAGAACGTTGAGCTCCACTCAGTTCCCAATCTTACCCTCGCCACCCTTTCTATCCCTCTCTCCACGCCTCGGTCACTCCTACCGCAAACCGCCGCCCGCCGCCTCCATCATCCGCCGCAGGTTCCGGCTGAAACCACCTCCTGATTCAGCCATATATATCCGGCGTGACTCCGACTCCGACTCCGAGCCGTTGTTAGATTCCAGATTTGGGGAGGGAGATGTGATAACGAGCACTGCAGATAAAGATGTCAC...
LOC131001159
ATGGTATATTTCGTGCAAGGTGTTTTGGGACTTTCCAGGCTTGCCGTCAATTTCTACCTGAAGGATGACCTGCATTTAGACCCTTCAGAGACAGCTATTATATTTGGTGTCTCATCATTACCTTGGCTTGTTAAGCCCCTGTATGGATTCATCAGTGATTCATTCCCTCTCTTTGGCTACCGAAGAAGGTCATATTTGGTTATCTCAGGACTCTTGGGTGCCCTCTCATGGAGTTTGATGGCAACCTTGGTTGATAGCAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057783418.1
MATRTLSSTQFPILPSPPFLSLSPRLGHSYRKPPPAASIIRRRFRLKPPPDSAIYIRRDSDSDSEPLLDSRFGEGDVITSTADKDVTSSSKASLYKKGNPTNSIGLFGVDLTADNIAVAMVYFVQGVLGLSRLAVNFYLKDDLHLDPSETAIIFGVSSLPWLVKPLYGFISDSFPLFGYRRRSYLVISGLLGALSWSLMATLVDSKYDVAFCILLGSLSVAFSDVVVDSMVVERARGESQSMSGSLQSLCWGSSAFGSII...
XP_057783419.1
MVYFVQGVLGLSRLAVNFYLKDDLHLDPSETAIIFGVSSLPWLVKPLYGFISDSFPLFGYRRRSYLVISGLLGALSWSLMATLVDSKYDVAFCILLGSLSVAFSDVVVDSMVVERARGESQSMSGSLQSLCWGSSAFGSIISSYFSGSLVGAYGVRFVFGLTALLPLITSAVAVLVREEPVLGLVTVQNLSPDSSNFLESSKNTITQLWTAVKQPNVLLPTLFIFLWQATPQSDSAMFYFTTNRLGFTPEFLGRVKLVTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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