同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001617

染色体: Chr08 坐标: 13403171-13404419 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001617
名称SmilChr08G001617
描述uncharacterized SmilChr08G001617
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向13403171 - 13404419 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001161
GeneID131001161
locus_tag-
NCBI NameLOC131001161
原始查询LOC131001161

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0665700; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os03g0665700; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT3G22540 (AT3G22540)
-
identity=64.81; qcov=0.855; evalue=4.43e-43; confidence=medium
RiceOs03g0665700
-
identity=65.05; qcov=0.831; evalue=1.13e-47; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF07911 (DUF1677)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001161

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

特征证据限制:抽查两个保留的历史缓存共 206 行,PROFEAT 特征全部为零;第二块缓存为 106 行,比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实,不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测,也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选,特征完整性与预测可靠性尚未建立。

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783423.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057783423.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057783423.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:13403974 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:13403989 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C37
Chr8:13404093 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 13 A25,B115,B133,B35,B37,B4,B46,B47,C25,C50,C56,C58,C70
Chr8:13404174 A AG 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 11 A20,A7,B101,B122,B63,B75,B88,C22,C50,C57,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783423.1
124 aa
N
1
62
124
DUF1677
C
PF07911 DUF1677 3-90 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783423.1 Pfam PF07911 DUF1677 Family 3 90 2.5e-37 127.9 Protein of unknown function (DUF1677)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927440.1
TCAATTTCAACAAGCTTTTTGACAATTTTTTTAATGATACCATTACCACGCTTTTTAAAATTTTATAAATTGATATATACTCAACATGATTTCAATATATTTTTTTTTTTGTAACATGACGGAGCCCAAATTTCGATATTCAAAATCCAAGTCCATGGCACATAGAAGAACTTGAAGTGGAAATACAAGTATATATGTCTTCATAGGAGTGGGGCCACATCAAATCCAGCATGCCATGTGAATTTTTCAATGCCGAAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057783423.1_42371
ATGGAGATCGAATCAGCAAAGTGCGAGTGCTGTGGGCTCAAGGAAGACTGCACAGAGGAGTACATTAGGGCAGTGAAATCGAGATTCCAAGGCAAATGGCTGTGCGGTCTGTGCTCAGAAGCAGTGAGTGATGAGGTTAGCAGAGGAAAGGCGCACTTCGGATTGGAGGAGGCTGTCAAGGCGCACATCACCTTTTGCCGCAAGTATAAATCAAATCCGGCAGTGCGCGTCGCCGACGGCATGAGGCAGATACTCAGGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783423.1
MEIESAKCECCGLKEDCTEEYIRAVKSRFQGKWLCGLCSEAVSDEVSRGKAHFGLEEAVKAHITFCRKYKSNPAVRVADGMRQILRRRSDLTSSSSSSSSSSSSSSSSSKTYSRSSSTSQVGFY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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