当前解析结果
SmilChr08G001617| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001617 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001617 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G001617 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 13403171 - 13404419 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001161 |
|---|---|
| GeneID | 131001161 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001161 |
| 原始查询 | LOC131001161 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0665700; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os03g0665700; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT3G22540 (AT3G22540)- identity=64.81; qcov=0.855; evalue=4.43e-43; confidence=medium |
| Rice | Os03g0665700- identity=65.05; qcov=0.831; evalue=1.13e-47; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07911 (DUF1677) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001161 |
特征证据限制:抽查两个保留的历史缓存共 206 行,PROFEAT 特征全部为零;第二块缓存为 106 行,比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实,不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测,也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选,特征完整性与预测可靠性尚未建立。
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057783423.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057783423.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057783423.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:13403974 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:13403989 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B114,C37 |
Chr8:13404093 |
C |
CTT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 13 | A25,B115,B133,B35,B37,B4,B46,B47,C25,C50,C56,C58,C70 |
Chr8:13404174 |
A |
AG |
1bp_insertion | stop_gained,frameshift_variant | 11 | A20,A7,B101,B122,B63,B75,B88,C22,C50,C57,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783423.1PF07911
DUF1677 3-90 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783423.1 |
Pfam | PF07911 |
DUF1677 | Family | 3 | 90 | 2.5e-37 | 127.9 | Protein of unknown function (DUF1677) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。