Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001654`

染色体: Chr08 坐标: 13748802-13751069 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001654`
名称	SmilChr08G001654
描述	phosphoenolpyruvate carboxylase kinase 1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	13748802 - 13751069 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001197`
GeneID	`131001197`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001197`
原始查询	`LOC131001197`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phosphoenolpyruvate carboxylase kinase 1-like
产物	phosphoenolpyruvate carboxylase kinase 1-like
Arabidopsis	`AT1G08650` (PPCK1) phosphoenolpyruvate carboxylase kinase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837387] identity=51.1; qcov=0.953; evalue=1.33e-97; confidence=high
Rice	`Os02g0807000` (OsPPCK1) - identity=52.7; qcov=1; evalue=7.37e-103; confidence=high
GO	GO:0004683 (calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity); GO:0005516 (calmodulin binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009931 (calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0018105 (peptidyl-serine phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001197

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057783496.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057783496.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057783496.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783496.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783496.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:13749636`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B138,B46,B55,C14,C50
`Chr8:13749688`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:13750765`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B88,C22
`Chr8:13750898`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B27,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783496.1

279 aa

140

279

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 9-266 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 11-261 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783496.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	9	266	1.2e-76	258.3	Protein kinase domain
`XP_057783496.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	11	261	1e-28	101.1	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927513.1
AAAAATTCCAACTACCATACCACTCTCTCTCTCTCTCATAAATATACCCCACCGTACGTACTGTTATCCTATTCTTCTAGAGACAAACAAAAAAAGTAATGAGTGGAGAGCTAGAGAGAGACTACACAGTGGGCGAGCAGATCGGGAGGGGCAGATACGGCGTCGTTTCGAGGTGCCACGCCGCCGTCACCGGCCAGTGCTTCGCCGTGAAGTCGATCGAGAAGCGCCTCATCCAGGACGATGCCGTCGACAGCCTCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001197
ATGAGTGGAGAGCTAGAGAGAGACTACACAGTGGGCGAGCAGATCGGGAGGGGCAGATACGGCGTCGTTTCGAGGTGCCACGCCGCCGTCACCGGCCAGTGCTTCGCCGTGAAGTCGATCGAGAAGCGCCTCATCCAGGACGATGCCGTCGACAGCCTCTGCCTCCAAAACGAGGCGAAGCTCATGCAACTCGTCTCGGGCCACCCGAATGTCGTCGGAGTTTTCGATGTGTACGAGGACGAAGACTTCCTGCATGTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783496.1
MSGELERDYTVGEQIGRGRYGVVSRCHAAVTGQCFAVKSIEKRLIQDDAVDSLCLQNEAKLMQLVSGHPNVVGVFDVYEDEDFLHVVLEYCGGGDLFERITARPVLTESEARRVLLPLMEAIAHCHHHGIAHRDIKPDNILFNNYDELKLADFGSAECFGSGGLMSGIVGTPYYVAPEVLAGRDYNETVDVWSAGVILYIMLAGIPPFYGESAQEIFEAVLRANLRFPRKVFSSVSPEAKDLLRRMLCKDISRRFSADQV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器