Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001670`

染色体: Chr08 坐标: 13930931-13934514 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001670`
名称	SmilChr08G001670
描述	kinesin-like protein KIN-10A
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	13930931 - 13934514 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001215`
GeneID	`131001215`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001215`
原始查询	`LOC131001215`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	kinesin-like protein KIN-10A
产物	kinesin-like protein KIN-10A
Arabidopsis	`AT4G14330` (AT4G14330) P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827075] identity=55.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0810200` (STD1) - identity=47.3; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005871 (kinesin complex); GO:0005874 (microtubule); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGG	-
Pfam	PF00225 (Kinesin); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001215

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057783523.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057783523.1`
3	Phragmoplast	Phragmoplast	0.60000	`XP_057783523.1`
4	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057783523.1`
5	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057783523.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:13931148`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:13931182`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,B66,B8,C37
`Chr8:13931392`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6
`Chr8:13931573`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	22	A1,A14,A25,B114,B2,B21,B27,B32,B52,B55,B59,B66,B8,C11,C17,C23,C29,C37,C5,C62,C69,D10
`Chr8:13931578`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	22	A1,A14,A25,B114,B2,B21,B27,B32,B52,B55,B59,B66,B8,C11,C17,C23,C29,C37,C5,C62,C69,D10
`Chr8:13931600`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	22	A1,A14,A25,B114,B2,B21,B27,B32,B52,B55,B59,B66,B8,C11,C17,C23,C29,C37,C5,C62,C69,D10
`Chr8:13931645`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:13931657`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15
`Chr8:13931662`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:13931730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr8:13931806`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B23,C19
`Chr8:13931887`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783523.1

873 aa

436

873

Kinesin

Microtub_bd

PF00225 Kinesin 78-374 aa PF16796 Microtub_bd 109-189 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783523.1`	Pfam	`PF00225`	Kinesin	Domain	78	374	1.1e-60	206.1	Kinesin motor domain
`XP_057783523.1`	Pfam	`PF16796`	Microtub_bd	Domain	109	189	2.3e-08	34.8	Microtubule binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927540.1
AATCAATTTCCATCTCCCGTGTTCATTTCCTTTCTTGAATCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTCAGTAAATCTTGAATCCCTCTCTCCGTTCAAGAATTTCTGAACCCAGAAGAAAAAAATTCAAAGAATTCTCTGTTGTATAGTTCTGGTTGGGTTTGTAGATTATCTCGTCTCCCTAGGAAAATGGCTCCCACACCTTCATCAAAATCAAATCTTTCGACACCATCAACGAAAGCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001215
ATGGCTCCCACACCTTCATCAAAATCAAATCTTTCGACACCATCAACGAAAGCAAATGCAGCTCACCACCACTCCAAAACTCCTCAATCAAAGCAGCGCCTAAATTTCACAAAGGAAGCGGCGGCGAACGCGTCGGAGCACCCAGTGGAGGTCATAGGTCGAATCCGCGACCACCCAGAACTCAAGAGCAAGCTCAACGCGAACCCTTCAGCCCTACAAATCACCGGAGATGGCAAATCCGTGAGAGTGAAGACTGAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783523.1
MAPTPSSKSNLSTPSTKANAAHHHSKTPQSKQRLNFTKEAAANASEHPVEVIGRIRDHPELKSKLNANPSALQITGDGKSVRVKTEIGYRDFTLDGVSMSEEDDLEGFYKKFVESRINGVKMGQKCTIMMYGPTGSGKSHTMFGCLKQPGIVYNSLKGILGEEDEELGLGNFVQVTVLEIYNEEIYDLLSSTSNGGGFNFGWSKGGSASKVKLEVMGKKAKNATFISGNEAGKILKEIQKVEKRRIVKSTLCNERSSRSH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器