当前解析结果
SmilChr08G001674| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001674 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001674 |
| 描述 | phosphate transporter PHO1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 13956558 - 13961904 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001218 |
|---|---|
| GeneID | 131001218 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001218 |
| 原始查询 | LOC131001218 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | phosphate transporter PHO1-like |
| 产物 | phosphate transporter PHO1-like |
| Arabidopsis | AT3G23430 (PHO1)phosphate 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821924] identity=60.9; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0809800 (Pho1)- identity=48.8; qcov=1.09; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0000822 (inositol hexakisphosphate binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006817 (phosphate ion transport); GO:0015114 (GO:0015114); GO:0016036 (cellular response to phosphate starvation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03105 (SPX); PF03124 (EXS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001218 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057783527.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057783527.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783527.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783527.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057783527.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:13957119 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B114,C22,C37,D8 |
Chr8:13957162 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,C82 |
Chr8:13957397 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,C22,D8 |
Chr8:13957408 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,B8 |
Chr8:13957428 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B63,C46 |
Chr8:13957451 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr8:13957472 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
Chr8:13957641 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:13958181 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B32,B47,C17,C39,C62 |
Chr8:13958217 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B55,B82 |
Chr8:13958244 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B133 |
Chr8:13958657 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B47 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783527.1PF03105
SPX 2-318 aa
PF03124
EXS 408-741 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783527.1 |
Pfam | PF03105 |
SPX | Domain | 2 | 318 | 1e-65 | 223.8 | SPX domain |
XP_057783527.1 |
Pfam | PF03124 |
EXS | Family | 408 | 741 | 7.5e-94 | 315.4 | EXS family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。