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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004309

染色体: Chr01 坐标: 61265873-61266439 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004309
名称SmilChr01G004309
描述protein DEHYDRATION-INDUCED 19 homolog 3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61265873 - 61266439 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001241
GeneID131001241
locus_tag-
NCBI NameLOC131001241
原始查询LOC131001241

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DEHYDRATION-INDUCED 19 homolog 3-like
产物protein DEHYDRATION-INDUCED 19 homolog 3-like
ArabidopsisAT3G05700 (AT3G05700)
Drought-responsive family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819739]
identity=50.7; qcov=1.01; evalue=1.23e-38; confidence=medium
RiceOs05g0358000 (OsDi19-2)
-
identity=49.7; qcov=1.02; evalue=3.7e-29; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF14571 (Di19_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001241

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783557.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057783557.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783557.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783557.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783557.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:61265995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr1:61265996 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B59
Chr1:61265996 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B59
Chr1:61266059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B78,C32,C68,C82
Chr1:61266064 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr1:61266084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B16,B82
Chr1:61266184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:61266198 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 6 B105,B114,B47,B7,C54,C82
Chr1:61266205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr1:61266221 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C21
Chr1:61266221 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C21
Chr1:61266231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783557.1
142 aa
N
1
71
142
Di19_C
C
PF14571 Di19_C 36-136 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783557.1 Pfam PF14571 Di19_C Family 36 136 9.3e-34 116.7 Stress-induced protein Di19, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927574.1
CCAACACCTTCGTCCATGACTCTGCTGCCACATTGATGATGAGCATCCTATAGAAGCCAAGAATGGAGTGTGTCCAGTTTGTGCGATGAGGGTGGGTGTTGATATGGTGGCTCATATAACGCTGCAACACGGGAATATTTTTAAGATGCAGCGCAAGAGAAAATCACGAAAATCTGGTTCACATTCTACGCTTTCTTTGTTGAGGCGAGAGCTAAGAGAAGGGAACTTGCAATCCTTTTTTGGAGAATCTTCCTGCATAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001241
ATGAGGGTGGGTGTTGATATGGTGGCTCATATAACGCTGCAACACGGGAATATTTTTAAGATGCAGCGCAAGAGAAAATCACGAAAATCTGGTTCACATTCTACGCTTTCTTTGTTGAGGCGAGAGCTAAGAGAAGGGAACTTGCAATCCTTTTTTGGAGAATCTTCCTGCATAGTTTCTTCGAACAATGCAACCCCTGACCCGCTTTTGTCCTCATTTATTTTGCCAATGGTTGAAGATTATGACAGCGTTGTTCCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783557.1
MRVGVDMVAHITLQHGNIFKMQRKRKSRKSGSHSTLSLLRRELREGNLQSFFGESSCIVSSNNATPDPLLSSFILPMVEDYDSVVPSHSSAESITAKKSTTGSISERKPRPPPMSIKDQEEKAKRSDFVQGLVLSVMLDDNS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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