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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001709

染色体: Chr08 坐标: 14301265-14318101 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001709
名称SmilChr08G001709
描述uncharacterized SmilChr08G001709
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向14301265 - 14318101 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001254
GeneID131001254
locus_tag-
NCBI NameLOC131001254
原始查询LOC131001254

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819586]; symbol=AT3G04310; hit=AT3G04310; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819586]; symbol=AT3G04310; hit=AT3G04310; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G04310 (AT3G04310)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819586]
identity=31.4; qcov=0.643; evalue=1.85e-18; confidence=low
RiceOs01g0680600
-
identity=26.9; qcov=0.727; evalue=9.99e-15; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001254

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057783575.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.60000 XP_057783575.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057783575.1
4 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057783575.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783575.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:14316451 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 162 A10,A11,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A22,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B100,B101,B102,B104,B105,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B119,B12,B121,B122,B124,B126,B128,B129,B130,B131,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B140,B15,B16,B2,B20,B21,B23,B24,B26,B32,B33,B34,B35,B36,B40,B41,B42,B43,B45,B47,B49,B5,B50,B52,B53,B55,B57,B58,B60,B62,B63,B64,B65,B66,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B76,B77,B78,B8,B80,B81,B82,B84,B85,B89,B93,B94,B99,C13,C14,C15,C18,C19,C2,C20,C21,C23,C25,C26,C27,C3,C31,C32,C33,C36,C37,C4,C42,C44,C45,C46,C49,C5,C50,C51,C53,C54,C55,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C67,C68,C70,C71,C72,C73,C75,C78,C80,C81,C83,C84,C85,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D5,D8,D9
Chr8:14316459 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 48 A11,A18,A3,A4,A5,A7,A9,B1,B101,B107,B108,B109,B11,B115,B135,B21,B23,B24,B40,B49,B57,B58,B7,B76,B78,B8,B80,B89,B93,C13,C19,C2,C20,C21,C26,C31,C32,C36,C42,C49,C53,C60,C61,C68,C72,C78,C83,C87
Chr8:14316465 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr8:14316470 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr8:14316593 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 A9,C49
Chr8:14316593 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,C49
Chr8:14316645 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B25,B88
Chr8:14316645 T TC 1bp_insertion CDS_variant 2 B25,B88
Chr8:14316679 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 11 A2,B113,B16,B36,B94,C14,C19,C25,C3,C65,D11
Chr8:14316688 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 10 A5,B1,B101,B135,B58,B7,B78,B8,C31,C42
Chr8:14316790 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B88,C24,C71
Chr8:14316821 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093892.1
ATAAAAATAATTGTTGTATGGGCAAAATAGGAGTGGATCTTCTTCCACTGATATCAGATAAGAGATCTGTGGTAATGGCGGTGACAGAGGTGGCGCTTCATCTCTACGCGCCTCCGTCCCCCTCTCACCGTGCTTTCCTCTTCCTACACGCCCGGCGCTCCCTTATCAATCTCCATCGCCACCCAATTTCTGTTTCCGATCACCGGTTACTCCTCCTTCTCCGGCAATGGCCGCTTCATATCCGCCGGTGCCGCCGTTGG...
XR_009093891.1
ATAAAAATAATTGTTGTATGGGCAAAATAGGAGTGGATCTTCTTCCACTGATATCAGATAAGAGATCTGTGGTAATGGCGGTGACAGAGGTGGCGCTTCATCTCTACGCGCCTCCGTCCCCCTCTCACCGTGCTTTCCTCTTCCTACACGCCCGGCGCTCCCTTATCAATCTCCATCGCCACCCAATTTCTGTTTCCGATCACCGGTTACTCCTCCTTCTCCGGCAATGGCCGCTTCATATCCGCCGGTGCCGCCGTTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001254
ATGGGCAAAATAGGAGTGGATCTTCTTCCACTGATATCAGATAAGAGATCTGTGGTAATGGCGGTGACAGAGGTGGCGCTTCATCTCTACGCGCCTCCGTCCCCCTCTCACCGTGCTTTCCTCTTCCTACACGCCCGGCGCTCCCTTATCAATCTCCATCGCCACCCAATTTCTGTTTCCGATCACCGGTTACTCCTCCTTCTCCGGCAATGGCCGCTTCATATCCGCCGGTGCCGCCGTTGGGACTCCAACGCTGAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783575.1
MGKIGVDLLPLISDKRSVVMAVTEVALHLYAPPSPSHRAFLFLHARRSLINLHRHPISVSDHRLLLLLRQWPLHIRRCRRWDSNAESYSTKDFNSDVADEIEDFDEQWVGALEDYIDSIWILKVFGSYGWMLPPIILSLLLANGLKAFLLALALPIGQSTFAFAIQRFQKRGKKKPKRKDKAKKRGSRFYSSRDAGSGESPEYTYSQRRQKGYQSWGSKDDFTTTSTTAANFGGWDELDSEMDYNVGGSSRRASRKTSGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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