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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001715

染色体: Chr08 坐标: 14380085-14383713 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001715
名称SmilChr08G001715
描述beta-glucuronosyltransferase GlcAT14A
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向14380085 - 14383713 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001260
GeneID131001260
locus_tag-
NCBI NameLOC131001260
原始查询LOC131001260

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-glucuronosyltransferase GlcAT14A
产物beta-glucuronosyltransferase GlcAT14A
ArabidopsisAT3G24040 (AT3G24040)
Core-2/I-branching beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821989]
identity=58.2; qcov=0.918; evalue=5.67e-160; confidence=high
RiceOs12g0639700
-
identity=48.4; qcov=0.823; evalue=1.39e-111; confidence=high
GOGO:0015020 (glucuronosyltransferase activity); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF02485 (Branch)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001260

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057783581.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783581.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783581.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783581.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783581.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:14380954 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C53
Chr8:14380954 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C53
Chr8:14381042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,C24,C56
Chr8:14382673 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B82,C20,C48
Chr8:14383224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr8:14383302 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B87,C18,C46
Chr8:14383384 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C43,C45
Chr8:14383519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C4,C75,D6
Chr8:14383587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,B36
Chr8:14383588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C25,C86
Chr8:14383606 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,B70,C16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783581.1
418 aa
N
1
209
418
Branch
C
PF02485 Branch 75-317 aa
XP_057783582.1
417 aa
N
1
208
417
Branch
C
PF02485 Branch 75-316 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783581.1 Pfam PF02485 Branch Family 75 317 2.9e-54 185.0 Core-2/I-Branching enzyme
XP_057783582.1 Pfam PF02485 Branch Family 75 316 1.6e-56 192.4 Core-2/I-Branching enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927598.1
GGTGCATCCACACCACGGTCTTTTCTTTCTTCTCCTCCGCACCGAAGTCGAACCTGCGAGTCTTGGCGTCCCTCCGGCAGCGGTGTAGGGCTCACGTCAACTCCGTGAGCCCTGTTACATATGCTTTAAATATTTATGCCGATTATACGAAAATTTTCGAGTGCAGTTTGTTCTACTCCCTTCGTCCCGCGTAATATGAGTTTTTTTTTTTTTTGACCCGAGATTTTAATTTAAAAATCCGATATTACCCCATCGTTATA...
XM_057927599.1
GGTGCATCCACACCACGGTCTTTTCTTTCTTCTCCTCCGCACCGAAGTCGAACCTGCGAGTCTTGGCGTCCCTCCGGCAGCGGTGTAGGGCTCACGTCAACTCCGTGAGCCCTGTTACATATGCTTTAAATATTTATGCCGATTATACGAAAATTTTCGAGTGCAGTTTGTTCTACTCCCTTCGTCCCGCGTAATATGAGTTTTTTTTTTTTTTGACCCGAGATTTTAATTTAAAAATCCGATATTACCCCATCGTTATA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001260
ATGCACCACCACCAACCACCGCCACCCTCCGCCGCCGCAGCCATTCCTTCCCTCTGCGTCTTGGTCAGCACAACCCTCTTCTCCATCCTGCTGGTCCTCTCCCTCACGACGGCCCCCACCCGCCCCCAGCCCCTCTCCCAACCCCATCCCTCGCTCTTCCCCAACCGCCACCGCCTCCTCCTCCACGACAATCAAACCGCCCCCGCCCCGCCCCCGCCCACATTAGCCTACCTCATATCCGGATCCGCCAACGATTCGGG...
LOC131001260
ATGCACCACCACCAACCACCGCCACCCTCCGCCGCCGCAGCCATTCCTTCCCTCTGCGTCTTGGTCAGCACAACCCTCTTCTCCATCCTGCTGGTCCTCTCCCTCACGACGGCCCCCACCCGCCCCCAGCCCCTCTCCCAACCCCATCCCTCGCTCTTCCCCAACCGCCACCGCCTCCTCCTCCACGACAATCAAACCGCCCCCGCCCCGCCCCCGCCCACATTAGCCTACCTCATATCCGGATCCGCCAACGATTCGGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057783581.1
MHHHQPPPPSAAAAIPSLCVLVSTTLFSILLVLSLTTAPTRPQPLSQPHPSLFPNRHRLLLHDNQTAPAPPPPTLAYLISGSANDSGRVLRLLHSVYHPRNQYLLHLDRSASQTDRDALAVTVQSVPLFRAAQNVHVIGKADYVFSNGPSALSSTLHGASVLLRLSPNWDWFINLSAADYPLVTQDDLLHILSYLPRNLNFVNHTSYIGWRESRKLKPIIVDPALYLTDNSEMFFATQKRPLPDAYRLFTVGSSMALLSR...
XP_057783582.1
MHHHQPPPPSAAAAIPSLCVLVSTTLFSILLVLSLTTAPTRPQPLSQPHPSLFPNRHRLLLHDNQTAPAPPPPTLAYLISGSANDSGRVLRLLHSVYHPRNQYLLHLDRSASQTDRDALAVTVQSVPLFRAAQNVHVIGKADYVFSNGPSALSSTLHGASVLLRLSPNWDWFINLSAADYPLVTQDDLLHILSYLPRNLNFVNHTSYIGWRESRKLKPIIVDPALYLTDNSEMFFATQKRPLPDAYRLFTGSSMALLSRK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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