Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001742`

染色体: Chr08 坐标: 14638685-14639738 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001742`
名称	SmilChr08G001742
描述	uncharacterized SmilChr08G001742
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	14638685 - 14639738 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001287`
GeneID	`131001287`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001287`
原始查询	`LOC131001287`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0187400; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os03g0187400; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT1G02070` (AT1G02070) zinc ion-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839270] identity=53.2; qcov=0.296; evalue=4.35e-07; confidence=weak
Rice	`Os03g0187400` - identity=60; qcov=0.283; evalue=9.63e-14; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF25054 (PHD_pln)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001287

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057783615.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783615.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783615.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057783615.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057783615.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:14639154`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C60,C85
`Chr8:14639436`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B69
`Chr8:14639436`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783615.1

162 aa

162

PHD_pln

PF25054 PHD_pln 15-57 aa

XP_057783616.1

159 aa

159

PHD_pln

PF25054 PHD_pln 15-54 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783615.1`	Pfam	`PF25054`	PHD_pln	Domain	15	57	3.2e-21	75.7	PHD-type zinc finger
`XP_057783616.1`	Pfam	`PF25054`	PHD_pln	Domain	15	54	9e-16	58.2	PHD-type zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927632.1
AAACCTAAAGCTTAGTAGGAAAGACAATTTAGTAGAAGGAAATAAAAGTTGTGAGTGGTGAGCCCCCACCCTTCTTTTTCATGCCACTAATCGTGGCATATATTTATTTATTTTTCTAACTTATCTCACACGGAACAAGACTTCTGAAAAATGAATATGATACCATATCAACGTCAAATTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCAAAATATATATGTATATATATATACACACATTATTTGTCTCTCTCTCTCTCTTCTCAT...

XM_057927633.1
ACAAGACTTCTGAAAAATGAATATGATACCATATCAACGTCAAATTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCAAAATATATATGTATATATATATACACACATTATTTGTCTCTCTCTCTCTCTTCTCATCATAATTCACATATACATATAAATGGGAAGAAACAGTGAATTAGAAGGAGCAGCAGTGGAATGTTGTATGTGTGGAGATCATGGCCTCTCTTCGGAGCTTTTCTCGTGTAGCGGCTGCGAGTTTCGATCACAAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131001287
ATGGGAAGAAACAGTGAATTAGAAGGAGCAGCAGTGGAATGTTGTATGTGTGGAGATCATGGCCTCTCTTCGGAGCTTTTCTCGTGTAGCGGCTGCGAGTTTCGATCACAACATAACAATCTGTACCCGGGAGCTGAAACCTACAACATTTGCAACTGGTGCCTTAGCCAAAAAGATGATCACAATCACAAAGGAGAAGAGACCACAAAATCGTCCCAAAATTCATCTCACAAAACCAAAATTAGCGACATGAAGATCAA...

LOC131001287
ATGGGAAGAAACAGTGAATTAGAAGGAGCAGCAGTGGAATGTTGTATGTGTGGAGATCATGGCCTCTCTTCGGAGCTTTTCTCGTGTAGCGGCTGCGAGTTTCGATCACAACATAAATATTGTAGCAATCTGTACCCGGGAGCTGAAACCTACAACATTTGCAACTGGTGCCTTAGCCAAAAAGATGATCACAATCACAAAGGAGAAGAGACCACAAAATCGTCCCAAAATTCATCTCACAAAACCAAAATTAGCGACAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057783615.1
MGRNSELEGAAVECCMCGDHGLSSELFSCSGCEFRSQHKYCSNLYPGAETYNICNWCLSQKDDHNHKGEETTKSSQNSSHKTKISDMKIKKGKIDVNHGDRRAIDNRIKKQNKSPAPDRAAPPPLAGRKRVTSDRGVIPERIIRPVFRNKVRRYKLLDEVSS

XP_057783616.1
MGRNSELEGAAVECCMCGDHGLSSELFSCSGCEFRSQHNNLYPGAETYNICNWCLSQKDDHNHKGEETTKSSQNSSHKTKISDMKIKKGKIDVNHGDRRAIDNRIKKQNKSPAPDRAAPPPLAGRKRVTSDRGVIPERIIRPVFRNKVRRYKLLDEVSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器