Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004325

染色体: Chr01 坐标: 61404681-61407839 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004325
名称SmilChr01G004325
描述probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g06940
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61404681 - 61407839 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001294
GeneID131001294
locus_tag-
NCBI NameLOC131001294
原始查询LOC131001294

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g06940
产物probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g06940
ArabidopsisAT5G06940 (AT5G06940)
Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830585]
identity=58.2; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0472500 (OSJNBb0022F23.6)
-
identity=45.4; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001294

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057783633.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783633.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783633.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783633.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783633.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:61404882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C11
Chr1:61405333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B84,C3,C50
Chr1:61405792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr1:61405858 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr1:61406014 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr1:61406029 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B14,B73,C84
Chr1:61406295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C77
Chr1:61406305 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr1:61406332 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C5
Chr1:61406587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C77
Chr1:61406928 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr1:61406986 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783633.1
881 aa
N
1
440
881
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 26-64 aa PF00560 LRR_1 118-139 aa PF13855 LRR_8 118-177 aa PF00560 LRR_1 143-163 aa PF00560 LRR_1 166-188 aa PF13855 LRR_8 166-223 aa PF00560 LRR_1 239-256 aa PF13855 LRR_8 430-489 aa PF00560 LRR_1 431-453 aa PF00560 LRR_1 456-477 aa PF00069 Pkinase 599-861 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 599-862 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783633.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 26 64 7.6e-12 46.0 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057783633.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 118 139 1.4e-33 108.3 Leucine Rich Repeat
XP_057783633.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 118 177 1.5e-28 99.0 Leucine rich repeat
XP_057783633.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 143 163 1.4e-33 108.3 Leucine Rich Repeat
XP_057783633.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 166 188 1.4e-33 108.3 Leucine Rich Repeat
XP_057783633.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 166 223 1.5e-28 99.0 Leucine rich repeat
XP_057783633.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 239 256 1.4e-33 108.3 Leucine Rich Repeat
XP_057783633.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 430 489 1.5e-28 99.0 Leucine rich repeat
XP_057783633.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 431 453 1.4e-33 108.3 Leucine Rich Repeat
XP_057783633.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 456 477 1.4e-33 108.3 Leucine Rich Repeat
XP_057783633.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 599 861 1.7e-38 133.3 Protein kinase domain
XP_057783633.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 599 862 7.3e-37 127.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927650.1
AGTTAATTTGTAATATTTGTTTCTTGTCATCATTGACTTCATAGCCTTCAAAAAGTATCCAAGCTGCAATAGATTTTTGTTGACTAGGCTTGGTTGAAAACCACAATTCATTCATTCTCAAATCTCAATATTCCCATCCCCATTTATTAATTACATTCTCTCCCTTAAATCTCTAAACCAGCATTGAAAACATTCCAAACTCTCTGTTTAACTGTAATGAAAATATATCTGAAACCCCATTAGCAAACTAGCAAGAAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001294
ATGGCCACCGCCTGCACCCACTTCCTCTTTCTCTCACTAGCATTCTCACTTCTTCTTCTTACCTCTGCAGTTTCTGAGCCAGAAATCTTGCTCCAGTTCAAGAACTCCATTGATGACCCTTTGAACATTCTATCTGGCTGGTCCAACATTTCAACAGTTCACCATTGTAACTGGACTGGGGTTTCTTGCACAAATGCAGCTCCATTTCTGGTTACTTCTCTCAATCTTCAAAGCTCGAATCTTTCTGGTGAAATCTCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783633.1
MATACTHFLFLSLAFSLLLLTSAVSEPEILLQFKNSIDDPLNILSGWSNISTVHHCNWTGVSCTNAAPFLVTSLNLQSSNLSGEISASICNLASLAHLNLADNFFNQPIPLHLSECESLMTLNVSNNLIWGTIPEQISQFKTLEILDFSRNHIEGEIPENIGWLQQLRVLDLGSNLLSGSVPVVFGNFSELAVLDLSHNTFLVSQIPVDIGGLSKLEQLLLQSSGFYGEIPDLFSGLKSLIVLDLSQNNLTGVLPPIELL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器