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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001754

染色体: Chr08 坐标: 14747754-14749570 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001754
名称SmilChr08G001754
描述probable pectinesterase 55
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向14747754 - 14749570 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001298
GeneID131001298
locus_tag-
NCBI NameLOC131001298
原始查询LOC131001298

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable pectinesterase 55
产物probable pectinesterase 55
ArabidopsisAT3G24130 (AT3G24130)
Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821999]
identity=54.2; qcov=0.9; evalue=1.19e-114; confidence=high
RiceOs08g0206950
-
identity=43; qcov=0.924; evalue=1.57e-77; confidence=medium
GOGO:0030599 (pectinesterase activity); GO:0042545 (cell wall modification)
KEGG-
PfamPF01095 (Pectinesterase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001298

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.60000 XP_057783634.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057783634.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057783634.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783634.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783634.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:14747992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr8:14748082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,A4,B124,B95
Chr8:14748187 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr8:14748325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr8:14748376 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:14748425 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B100,C14
Chr8:14748425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,C14
Chr8:14748635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,B41,B51,B88
Chr8:14748713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,C16,C40
Chr8:14749211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B41,B51,B88,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783634.1
336 aa
N
1
168
336
Pectinesterase
C
PF01095 Pectinesterase 41-320 aa
XP_057783635.1
330 aa
N
1
165
330
Pectinesterase
C
PF01095 Pectinesterase 41-314 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783634.1 Pfam PF01095 Pectinesterase Repeat 41 320 1.5e-68 231.5 Pectinesterase
XP_057783635.1 Pfam PF01095 Pectinesterase Repeat 41 314 4.8e-66 223.2 Pectinesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927652.1
AGAGTGTGCCATAGACAGTTTTCAGTCATTATAAGAAGTTTCTGTGCATCATTTCAAGACAGATTTTTTCTAGTTTCTTTTCTTACAAAAAAACCATCTCATGATTCAGTCTGCATATTTTCAGCAAATTAGAATTAGTTCTCACTCATTGCATTTTCCTATACTAAAACTCTCCAAAAATCTTTACGCTCTCATTGCACTAATCATACACTAAAAAAATGCCATTTCTCCCTCAATTGTTTGTCTACACACTTCTTGCT...
XM_057927651.1
GTGTGCCATAGACAGTTTTCAGTCATTATAAGAAGTTTCTGTGCATCATTTCAAGACAGATTTTTTCTAGTTTCTTTTCTTACAAAAAAACCATCTCATGATTCAGTCTGCATATTTTCAGCAAATTAGAATTAGTTCTCACTCATTGCATTTTCCTATACTAAAACTCTCCAAAAATCTTTACGCTCTCATTGCACTAATCATACACTAAAAAAATGCCATTTCTCCCTCAATTGTTTGTCTACACACTTCTTGCTCTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001298
ATGCCATTTCTCCCTCAATTGTTTGTCTACACACTTCTTGCTCTCTCATCACCATTCTCATCCACCAATGCTGCACCAAACCATAGGAGGTCTAAAATCCATCACACGTTCGACGTTGATCCTTCCGGTAAGGGCCACTTCACGACGATCCAAGATGCCATAGACGCCGTCCCTTCTCACAACCAACGATGGACTTGCATACGCATAAAAAAGGGCGTATACAGGGAACAAGTTAGCATTCCTTATTACAAGCCATTCAT...
LOC131001298
ATGCCATTTCTCCCTCAATTGTTTGTCTACACACTTCTTGCTCTCTCATCACCATTCTCATCCACCAATGCTGCACCAAACCATAGGAGGTCTAAAATCCATCACACGTTCGACGTTGATCCTTCCGGTAAGGGCCACTTCACGACGATCCAAGATGCCATAGACGCCGTCCCTTCTCACAACCAACGATGGACTTGCATACGCATAAAAAAGGGCGTATACAGGGAACAAGTTAGCATTCCTTATTACAAGCCATTCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057783634.1
MPFLPQLFVYTLLALSSPFSSTNAAPNHRRSKIHHTFDVDPSGKGHFTTIQDAIDAVPSHNQRWTCIRIKKGVYREQVSIPYYKPFIFLKGEGKRNTYISWDGHDSIATGATFSSDADNTIAQGISFVNSYNNATHNPMRPAVAAKIQGDKSAFHRCGFYGLQDTLWDAQGRHYFKECTIQGSVDFIFGAGQSLYEKCSISVVANVHKVAGYITAQGRSKARETNGFVFKDCEIVGKGKAYLGRAWRDYATVLFYNTSMS...
XP_057783635.1
MPFLPQLFVYTLLALSSPFSSTNAAPNHRRSKIHHTFDVDPSGKGHFTTIQDAIDAVPSHNQRWTCIRIKKGVYREQVSIPYYKPFIFLKGEGKRNTYISWDGHDSIATGATFSSDADNTIAQGISFVNSYNNATHNPMRPAVAAKIQGDKSAFHRCGFYGLQDTLWDAQGRHYFKECTIQGSVDFIFGAGQSLYEKCSISVVANVHKVAGYITAQGRSKARETNGFVFKDCEIVGKGKAYLGRAWRDYATVLFYNTSMS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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