Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001763`

染色体: Chr08 坐标: 14846434-14850099 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001763`
名称	SmilChr08G001763
描述	ER lumen protein-retaining receptor-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	14846434 - 14850099 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001307`
GeneID	`131001307`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001307`
原始查询	`LOC131001307`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ER lumen protein-retaining receptor-like
产物	ER lumen protein-retaining receptor-like
Arabidopsis	`AT3G25040` (ERD2B) endoplasmic reticulum retention defective 2B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822095] identity=83.3; qcov=1; evalue=8.14e-136; confidence=high
Rice	`Os04g0376700` - identity=82.7; qcov=0.995; evalue=2.11e-135; confidence=high
GO	GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005801 (cis-Golgi network); GO:0006621 (protein retention in ER lumen); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0016020 (membrane); GO:0046923 (ER lumen protein retrieval receptor activity)
KEGG	-
Pfam	PF00810 (ER_lumen_recept)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001307

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vesicle	囊泡	1.00000	`XP_057783648.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057783648.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.80000	`XP_057783648.1`
4	Endoplasmic reticulum	内质网	0.60000	`XP_057783648.1`
5	Cis-golgi network	Cis-golgi network	0.60000	`XP_057783648.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:14846716`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C82
`Chr8:14849343`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783648.1

215 aa

108

215

ER_lumen_recept

PF00810 ER_lumen_recept 28-171 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783648.1`	Pfam	`PF00810`	ER_lumen_recept	Repeat	28	171	3.1e-60	203.8	ER lumen protein retaining receptor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927665.1
TTTTTTAAGAAAGTTATACTTCCAATTTCATTTCATACCACTTTTCTGAAAGTAAGAAAGGAAAAGTGTTAATATCACACAAAATCTTGTTTTGCCATTACTCCGATCAACACATCTGGTTCAGACCTTAAAACGAAAAGGATAAAAAAGAAAAGCCAAAAACTGTTGAGTGTTGAAATATAAGCAGCTATTTTCTGGGCACGAGCAAAATATTTCAGGTTTAGAGAGAAAGAGAGTGAGAAGAGAGGGAAATAAGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001307
ATGAATATATTCAGGCTAGCTGGGGACATGACTCATTTGGCAAGTGTTCTTGTCCTGCTCCTCAAGATTCACACTATTAAATCTTGTGCAGGCGTTTCTCTGAAGACCCAGGAGCTCTATGCTATCGTTTTTGCTACTCGCTACTTGGATTTATTTACAAACTATGTATCTCTTTATAATACACTGATGAAAATAATATTTTTGGTGAGCTCTTTCTCAATTGTCTGGTATATGAGGCGGCACAAGATTGTGCGCAGATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783648.1
MNIFRLAGDMTHLASVLVLLLKIHTIKSCAGVSLKTQELYAIVFATRYLDLFTNYVSLYNTLMKIIFLVSSFSIVWYMRRHKIVRRSYDKDQDTFRHYFLIVPCLLLALVINEKFTFKEVMWAFSLYLEAVAILPQLVLLQRTRNIDNLTGQYVFLLGAYRAFYILNWIYRYFTQPHFVHWISWVSGLVQTLLYADFFYYYFQSWKNNAKLELPA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器