Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001784`

染色体: Chr08 坐标: 15038920-15041782 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001784`
名称	SmilChr08G001784
描述	uncharacterized SmilChr08G001784
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	15038920 - 15041782 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001327`
GeneID	`131001327`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001327`
原始查询	`LOC131001327`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Putative methyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827036]; symbol=AT4G14000; hit=AT4G14000; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Putative methyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827036]; symbol=AT4G14000; hit=AT4G14000; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G14000` (AT4G14000) Putative methyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827036] identity=61.2; qcov=0.954; evalue=1.96e-114; confidence=high
Rice	`Os09g0359900` - identity=56.8; qcov=0.894; evalue=2.48e-100; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF10294 (Methyltransf_16)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001327

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057783673.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057783673.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057783673.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783673.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783673.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:15039368`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B2,B25,B77
`Chr8:15040274`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B129
`Chr8:15040274`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B129
`Chr8:15040856`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C64,C66,C8
`Chr8:15040988`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr8:15041012`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,B132,B137
`Chr8:15041016`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr8:15041226`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783673.1

303 aa

152

303

Methyltransf_16

PF10294 Methyltransf_16 94-263 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783673.1`	Pfam	`PF10294`	Methyltransf_16	Family	94	263	4.9e-12	46.7	Lysine methyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927690.1
TCATCCCATCTAGCAGATTCAGATGGTCCTAATTCACGAAGCACGATACAATTTCCCTATTTTTTCTTTTCAAAAATACAAGTTAAAAATCATATCTTGAATTGATTTGAACCAATAACTTTCTATAAAAAGGAATTTTGCTCAAAGAAATTAATTCACGATACCAATACCAAATTGAGCTGGTAATTAGTGTTTCATAAGCTTCAAAGTTCTGGGTTGAAATTGATATGATGCTTGGAACGCCCAACTCACGAAGGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001327
ATGGAGTCGGCCAAATCAAACGATACACCAAAAGAAGCAATCTTTCGTCTCTTCGACGACAAACCCCCTTCTGGGTTGAGTTTCTTAGACTTCCCCGAAAAGCCCCTCCCTCCCCCGCCGCCATGCCTCGAATTTCTTCCCTCAGAGGTTTCAGCAGATGTGAAGTGCTCTATGGAGCCTGTGAATGTTGCTGGAATTACTCTTCTTAAGGGGAGGGTAAGCACTGAGGAGGTGTTTGCACTTTCCAACTCAGATTTAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783673.1
MESAKSNDTPKEAIFRLFDDKPPSGLSFLDFPEKPLPPPPPCLEFLPSEVSADVKCSMEPVNVAGITLLKGRVSTEEVFALSNSDLVPGKYEGGLKLWEGSLDLIAALSSEMQNGRLSFTGKRVLELGCGHGLPGIFACQKAAAAVHFQDFNAEVLRCLTIPNVTANIKENPQYLSADVKEGGISTESETRFFSGDWGEVHSILDQAAGYDVILMAETVYSISALPNLYKLIKKCLSSPHGVVYMAAKKYYFGVGGGSRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器