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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001793

染色体: Chr08 坐标: 15115070-15118265 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001793
名称SmilChr08G001793
描述crocetin glucosyltransferase, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向15115070 - 15118265 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001337
GeneID131001337
locus_tag-
NCBI NameLOC131001337
原始查询LOC131001337

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述crocetin glucosyltransferase, chloroplastic-like
产物crocetin glucosyltransferase%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT1G05560 (UGT75B1)
UDP-glucosyltransferase 75B1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837058]
identity=42.3; qcov=1.05; evalue=5.99e-116; confidence=medium
RiceOs01g0179600 (OsUGT75K1)
-
identity=36; qcov=1.06; evalue=2.6e-97; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001337

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057783685.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057783685.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783685.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783685.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783685.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:15117166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B25
Chr8:15117368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C82
Chr8:15117476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,B88,C41,C76
Chr8:15117491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B25
Chr8:15117498 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A7,B135,B40,C33
Chr8:15117581 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B29
Chr8:15117622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B140,C82
Chr8:15117686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,B28,B88,C76
Chr8:15117693 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr8:15117757 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:15117783 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B124
Chr8:15117783 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 B124

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783685.1
453 aa
N
1
226
453
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 255-407 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783685.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 255 407 5.2e-26 92.2 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927702.1
TGAAAATTCAAGTAAAATATTTGCTCTGCTGCCCCCAATATAATCGATTAATCCCCAAAATGAAACAAAGGAAAGAAAATCTGAAACATGACAAAGCTCATTGCAAAATATTTACAAGAAACAAGCTATATGTTTACCGTGTGCACTGAGCAACAGGCGGGGAACGGAGTCTGACGGGAGCGGGGAGGCGGAGTCGTGGCTGGAGCGGGGCGGCGGAGTCGTGGCGAAGCGGCGGAGTCTGGCGAGAAGTGGAGCAGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001337
ATGGCGGAGCAGCACATCCTACTAGTCACCTTCCCCGGTCAGGGCCACATCAACCCATCTCTCCAGTTCGCTAAAAGCCTCACTAAACACGGCGTTAAGGTCACCATCCTCACCAGCAGCTCCGCCACCGCCCGCATGTCCCACACTCTCTCTCCATCCTTCCAACCCCTAATCGACGTCGTTTCCTTCTCCACCACCACCGACTGGTCCACAGGAGACGTCTCCAAACTCATGCAAGAGCTCTCCGACCACGGCACCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783685.1
MAEQHILLVTFPGQGHINPSLQFAKSLTKHGVKVTILTSSSATARMSHTLSPSFQPLIDVVSFSTTTDWSTGDVSKLMQELSDHGTKAVEDAVAAKRAQGTPYSRIVYNLLVPWAGRAARRLAVPVTLLWIQPAVLFGIYFHYHNRNFDPCSDEVIELPGLPRLRRRDLPSFFLETNPSVYNFVIPMLTENFEILDQEDHPAVVLNTFDELEADALRCLNKYRLLAIGPLIPSAFLDGRDPSDTSFGGDLIQKSEDYMQY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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