当前解析结果
SmilChr08G001793| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001793 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001793 |
| 描述 | crocetin glucosyltransferase, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 15115070 - 15118265 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001337 |
|---|---|
| GeneID | 131001337 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001337 |
| 原始查询 | LOC131001337 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | crocetin glucosyltransferase, chloroplastic-like |
| 产物 | crocetin glucosyltransferase%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT1G05560 (UGT75B1)UDP-glucosyltransferase 75B1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837058] identity=42.3; qcov=1.05; evalue=5.99e-116; confidence=medium |
| Rice | Os01g0179600 (OsUGT75K1)- identity=36; qcov=1.06; evalue=2.6e-97; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001337 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057783685.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057783685.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783685.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783685.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057783685.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:15117166 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,B25 |
Chr8:15117368 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,C82 |
Chr8:15117476 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B27,B88,C41,C76 |
Chr8:15117491 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,B25 |
Chr8:15117498 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,A7,B135,B40,C33 |
Chr8:15117581 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,B29 |
Chr8:15117622 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B140,C82 |
Chr8:15117686 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B27,B28,B88,C76 |
Chr8:15117693 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B133 |
Chr8:15117757 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:15117783 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B124 |
Chr8:15117783 |
G |
GC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B124 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783685.1PF00201
UDPGT 255-407 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783685.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 255 | 407 | 5.2e-26 | 92.2 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。