当前解析结果
SmilChr08G001795| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001795 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001795 |
| 描述 | protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 15125065 - 15126866 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001339 |
|---|---|
| GeneID | 131001339 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001339 |
| 原始查询 | LOC131001339 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2-like |
| 产物 | protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2-like |
| Arabidopsis | AT2G28320 (AT2G28320)Pleckstrin homology (PH) and lipid-binding START domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817379] identity=86.5; qcov=0.832; evalue=1.85e-50; confidence=medium |
| Rice | Os08g0439100- identity=33.7; qcov=0.86; evalue=2.15e-12; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07059 (EDR2_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001339 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057783687.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.40000 | XP_057783687.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057783687.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057783687.1 |
| 5 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057783687.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:15125356 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 13 | A18,A5,B107,B135,B3,B37,B44,B5,B62,B7,C34,C77,C79 |
Chr8:15125870 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C4 |
Chr8:15125870 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C4 |
Chr8:15125893 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | A4 |
Chr8:15125893 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr8:15126038 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,B120,C36 |
Chr8:15126043 |
AAG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 10 | B136,B140,B68,B90,B96,C21,C52,C70,C82,D9 |
Chr8:15126050 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B100,B140,C69 |
Chr8:15126055 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B75,C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783687.1PF07059
EDR2_C 27-99 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783687.1 |
Pfam | PF07059 |
EDR2_C | Domain | 27 | 99 | 3.8e-16 | 60.3 | Protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2, C-terminal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。