Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001829`

染色体: Chr08 坐标: 15672576-15676882 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001829`
名称	SmilChr08G001829
描述	probable beta-D-xylosidase 7
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	15672576 - 15676882 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001346`
GeneID	`131001346`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001346`
原始查询	`LOC131001346`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable beta-D-xylosidase 7
产物	probable beta-D-xylosidase 7
Arabidopsis	`AT1G78060` (AT1G78060) Glycosyl hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844141] identity=61.7; qcov=0.959; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0752200` - identity=59.6; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0009044 (xylan 1,4-beta-xylosidase activity); GO:0009505 (plant-type cell wall); GO:0031222 (arabinan catabolic process); GO:0045493 (xylan catabolic process); GO:0046556 (alpha-L-arabinofuranosidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00933 (Glyco_hydro_3); PF01915 (Glyco_hydro_3_C); PF14310 (Fn3-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001346

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057783698.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057783698.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783698.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783698.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057783698.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:15673792`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B119,B17,B76,C30
`Chr8:15673803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	A9,B119,B17,B76,C30
`Chr8:15673803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B119,B17,B76,C30
`Chr8:15675743`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A24
`Chr8:15675743`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A24
`Chr8:15675798`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B138,B52
`Chr8:15675918`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B74,C2
`Chr8:15675971`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D6
`Chr8:15675971`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr8:15676702`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783698.1

784 aa

392

784

Glyco_hydro_3

Glyco_hydro_3_C

Fn3-like

PF00933 Glyco_hydro_3 115-367 aa PF01915 Glyco_hydro_3_C 411-641 aa PF14310 Fn3-like 710-776 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783698.1`	Pfam	`PF00933`	Glyco_hydro_3	Domain	115	367	1.6e-33	117.2	Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain
`XP_057783698.1`	Pfam	`PF01915`	Glyco_hydro_3_C	Domain	411	641	3.8e-51	174.6	Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain
`XP_057783698.1`	Pfam	`PF14310`	Fn3-like	Family	710	776	7.8e-11	42.7	Fibronectin type III-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927715.1
CCTATGACCAATACAGGTACAATTAATATTATTGAAAATCACTATTGTTTCCGAACGATTTTATTGCATGTTGCCCACAAATAAGTAATCATTGCAGAATCTGTAAAATGAGTGCACAATCAGATTTTGGGTTTTAAATAATGCTCCTTTCTCTGACGCCAAAGGCACACCGGTTTCCTGCAATCTTCAAATTCTACCAGTTTCTTCCTCCAACAAATTCAGTTTCGAAAAATGAGAACCCATAACCGTAACCGCCGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001346
ATGAGAACCCATAACCGTAACCGCCGCAGCCTCCCACTCTTAATCATTTTGATGTTCCTCTCAACAGATTCAGTGTTTCTCCCAGCACAATCCGACGCCACTCCCCCATTTTCATGCGATCCATCAAACCTCTCCACAAATCTCTTTCCCTTCTGCAACACTAGTTTACCCATCGCTGCCAGAGTGAAGGACATCGTGTCCCGCCTCACGCTCGATGAGAAAATCCAGCAGCTCGTCAACAACGCTGCCGCCGTCCCCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783698.1
MRTHNRNRRSLPLLIILMFLSTDSVFLPAQSDATPPFSCDPSNLSTNLFPFCNTSLPIAARVKDIVSRLTLDEKIQQLVNNAAAVPRLNISAYEWWSEALHGVSRHGKGVTFSGSIKSATMFPQIILSAASFDSQLWYRIAQAIGKESRAFFNAGQGKGMTYWAPNINILRDPRWGRGQETAGEDPLVAAKYAVAYVRGLQGDSEAGEIKRDGRLMASACCKHYTAHDLDNWKGVSRYAFDAKVTKQDMADTFQPPFKAC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器