Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001819`

染色体: Chr08 坐标: 15355615-15358122 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001819`
名称	SmilChr08G001819
描述	laccase-15-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	15355615 - 15358122 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001348`
GeneID	`131001348`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001348`
原始查询	`LOC131001348`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	laccase-15-like
产物	laccase-15-like
Arabidopsis	`AT5G09360` (LAC14) laccase 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830795] identity=44.9; qcov=0.974; evalue=0; confidence=medium
Rice	`Os02g0749700` (OsLAC10) - identity=48; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005507 (copper ion binding); GO:0046274 (lignin catabolic process); GO:0048046 (apoplast); GO:0052716 (hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00394 (Cu-oxidase); PF07731 (Cu-oxidase_2); PF07732 (Cu-oxidase_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001348

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057783700.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057783700.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783700.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783700.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057783700.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:15355836`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:15356013`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B100,B66,C74
`Chr8:15356013`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B100,B66,C74
`Chr8:15356227`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B132,B137
`Chr8:15356253`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B29
`Chr8:15356314`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr8:15356409`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	38	A10,A18,A8,B102,B118,B119,B128,B130,B2,B34,B42,B43,B46,B48,B6,B60,B64,B8,B84,B85,B87,B9,C10,C11,C3,C30,C38,C39,C6,C60,C67,C69,C71,C81,C83,C87,D1,D8
`Chr8:15356727`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr8:15356771`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr8:15356806`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr8:15356810`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr8:15356934`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783700.1

579 aa

290

579

Cu-oxidase_3

Cu-oxidase

Cu-oxidase_2

PF07732 Cu-oxidase_3 37-151 aa PF00394 Cu-oxidase 163-311 aa PF07731 Cu-oxidase_2 416-551 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783700.1`	Pfam	`PF07732`	Cu-oxidase_3	Domain	37	151	9.8e-40	136.1	Multicopper oxidase
`XP_057783700.1`	Pfam	`PF00394`	Cu-oxidase	Domain	163	311	1.6e-36	126.5	Multicopper oxidase
`XP_057783700.1`	Pfam	`PF07731`	Cu-oxidase_2	Domain	416	551	1.4e-41	142.2	Multicopper oxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927717.1
GTGAAATGAATACTCGCGTTTCGGAATAAATGAGAGAAAGTGGAGAGACGATGTAAGCTACAATCAACACTATAAATAGGGAAAAGAAAAAGCATACCATTCTCCTGTCTCAACAATAGCAGCTGAAAAAATAGAAAAAAATGGTTTCTTATAGGAAGCTTAAGGTTTTCATCATGTGGTACATTGGTATTATTATGTTTTTGCTCGGAGGCATGGGTCCAGTCCATGCTTTAGTTCATAAGTTTGAAGTGAGAAGATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001348
ATGGTTTCTTATAGGAAGCTTAAGGTTTTCATCATGTGGTACATTGGTATTATTATGTTTTTGCTCGGAGGCATGGGTCCAGTCCATGCTTTAGTTCATAAGTTTGAAGTGAGAAGATCTTCACACACCAGGCTATGCACCACCAAAAGCATCCTAACGATAAACGGGCAGTTCCCAGGGCCAACTATATATGCTAGAAGGGGAGAATTGGTGGTAATCGATGTTATTAATCGCGCCGATCAAAATATAAGTATCCATTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783700.1
MVSYRKLKVFIMWYIGIIMFLLGGMGPVHALVHKFEVRRSSHTRLCTTKSILTINGQFPGPTIYARRGELVVIDVINRADQNISIHWHGVKMPRYPWTDGASHVTQCPISPGKRFRQRMLLSNEEGTLFWHAHSDWSRATVYGAIIILPPKTHTYPFPKPHAEVPILLGEWWNADVQEVYEDSIAQGIDANFSDAFLMNGQPGDMYPCSKQDTFKLSVEPGKTYLIRMINAMLSYIMYFKIKDHNVTVVGMDGAYTKPLN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器