Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001808`

染色体: Chr08 坐标: 15268529-15271332 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001808`
名称	SmilChr08G001808
描述	auxin-induced protein PCNT115-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	15268529 - 15271332 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001356`
GeneID	`131001356`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001356`
原始查询	`LOC131001356`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	auxin-induced protein PCNT115-like
产物	auxin-induced protein PCNT115-like
Arabidopsis	`AT1G60710` (ATB2) NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842365] identity=74.3; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0338000` - identity=72.2; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004033 (GO:0004033); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	-
Pfam	PF00248 (Aldo_ket_red)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001356

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057783709.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057783709.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057783709.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783709.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783709.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:15268856`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C37
`Chr8:15268856`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C37
`Chr8:15268964`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B25
`Chr8:15269654`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B66,B8,C14
`Chr8:15270253`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B40
`Chr8:15270805`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B12,B13,B139,B66,C14
`Chr8:15270875`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B68,C22,C55
`Chr8:15270934`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B40
`Chr8:15270957`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,B8
`Chr8:15270965`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr8:15270967`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B82,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783709.1

363 aa

182

363

Aldo_ket_red

PF00248 Aldo_ket_red 44-333 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783709.1`	Pfam	`PF00248`	Aldo_ket_red	Domain	44	333	3.8e-74	250.1	Aldo/keto reductase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927726.1
CTATGCTTGACTCTTTTTCTATTATATAGATTTATAGCGCACCTTTGTGGAATGCAGTATGTAGTTAGTCAATGTTACCACTTGTCGTGCAGCTGATAACGAATTTTCTTTACAGAGTCGAGACTTTTGAAAGTTGAAATAAATTAAATTATCATCGAAGAAGAAGGGGGTCGTGTGGCGACAAAATCGGTTGCGGCAGCGATGACGTCCTTCCTCTTCCCAGTCCCTATTTCAAGGTCAACTGATGCACCATTCCTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001356
ATGCACCATTCCTCAATCCAGTCCAGTCGATTCATCACTCAAATTCCCAATTCCGCCAAAATGGGAGTGAATGTGCCGACAATCAAGCTGGGGTCGCAGGGCCTTGAGGTGTCCAAACAAGGCCTCGGTTGCATGGGCATGTCGGCCTTCTACGGCCTGCCTAAGCCCGACGCCGATATGATCAAACTTATCCACCACGCCATCAACTCTGGCGTTACCTTTCTCGACACCTCCGACATGTACGGTCCCCACACCAACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783709.1
MHHSSIQSSRFITQIPNSAKMGVNVPTIKLGSQGLEVSKQGLGCMGMSAFYGLPKPDADMIKLIHHAINSGVTFLDTSDMYGPHTNEILIGKALKGGMREKVQLATKFGIINRDGKGEVHGDPAYVRSSCESSLKRLDVDCIDLYYVHRIDTSVPIEITMGELKKLVEEGKIKYIGLSEASASTIRRAHAVHPITAVQIEWSLWSRDVEEELIPTCRELGIGIVPYSPLGRGFLSVGPKMLENASEGDLRKIYFPRFHDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器