当前解析结果
SmilChr08G001814| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001814 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001814 |
| 描述 | auxin-induced protein PCNT115-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 15293505 - 15298971 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001358 |
|---|---|
| GeneID | 131001358 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001358 |
| 原始查询 | LOC131001358 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | auxin-induced protein PCNT115-like |
| 产物 | auxin-induced protein PCNT115-like |
| Arabidopsis | AT1G60710 (ATB2)NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842365] identity=73.3; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0338000- identity=71.4; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004033 (GO:0004033); GO:0005737 (cytoplasm) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00248 (Aldo_ket_red) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001358 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057783711.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057783711.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783711.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783711.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057783711.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:15297190 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C7,D10 |
Chr8:15297790 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B73,D6 |
Chr8:15297799 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B58,C12,C27,C31,D6 |
Chr8:15297828 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B73,D6 |
Chr8:15297854 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D6 |
Chr8:15297854 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr8:15297872 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B138 |
Chr8:15297877 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr8:15297879 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr8:15297946 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:15298578 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr8:15298619 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B120,C41 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783711.1PF00248
Aldo_ket_red 22-311 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783711.1 |
Pfam | PF00248 |
Aldo_ket_red | Domain | 22 | 311 | 1.5e-68 | 231.7 | Aldo/keto reductase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。