Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001812`

染色体: Chr08 坐标: 15287991-15290827 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001812`
名称	SmilChr08G001812
描述	auxin-induced protein PCNT115-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	15287991 - 15290827 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001359`
GeneID	`131001359`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001359`
原始查询	`LOC131001359`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	auxin-induced protein PCNT115-like
产物	auxin-induced protein PCNT115-like
Arabidopsis	`AT1G60710` (ATB2) NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842365] identity=73.7; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0338000` - identity=71.5; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004033 (GO:0004033); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	-
Pfam	PF00248 (Aldo_ket_red)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001359

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057783712.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057783712.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057783712.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783712.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783712.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:15288288`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B127,D10
`Chr8:15289033`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B12,B66,B8,C14,D10
`Chr8:15289632`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	25	A13,A15,A4,B107,B113,B114,B115,B124,B138,B47,B53,B55,B58,B62,B95,C29,C45,C46,C60,C65,C72,C78,C80,C85,D9
`Chr8:15289839`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B134
`Chr8:15290351`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:15290382`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B122,B14,B6,B64
`Chr8:15290382`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B122,B14,B6,B64
`Chr8:15290536`	`C`	`CT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	2	B4,B54
`Chr8:15290536`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B4,B54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783712.1

342 aa

171

342

Aldo_ket_red

PF00248 Aldo_ket_red 22-311 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783712.1`	Pfam	`PF00248`	Aldo_ket_red	Domain	22	311	8.6e-72	242.4	Aldo/keto reductase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927729.1
GATGCGAATATGTCGACCACTTGACAATTGACATTAACATATGTAGAGGCGTAGTGTGATTTTCAAGCTCATCGAAGAAAGGTTTGACAATGGCGTCATCGCTGGCGATAGCATGACGGCAGCAGTTACGTTATCGTCTTCCCTTTCCCCTTATAAACTCACTTCACTTGCCAACCATCAACTGGCAAGTGACAACACTCAACAGGCCACTACTCTGAATTCTGGAACATCGAGTTCGATCAAATCCCGAATTTGTTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001359
ATGGGAGTGAATGTGCCGAGAGTCAAGCTGGGGTCGCAGGGCCTTGAGGTGTCCAAACAAGGCCTCGGCTGCATGGGCATGTCCGCCAGCTACGGCCAGCCGAAGCCCGAGCCCGAGATGATCCAACTCATCCACCACGCCATCAACTCCGGCGTCACATTTCTCGACACCTCCGATGCCTATGGTCCCCATACCAACGAAATTCTTATTGGAAAGGCTTTAAAAGGGGGGATGAGGGAGAAAGTGCAAATTGCTTCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783712.1
MGVNVPRVKLGSQGLEVSKQGLGCMGMSASYGQPKPEPEMIQLIHHAINSGVTFLDTSDAYGPHTNEILIGKALKGGMREKVQIASKFGILHRDVKLDIHGEPEYVRAACEASLKRLDIDCIDLYYIHRIDTRVPIEVTMGELKKLVEEGKIKYVGLSEASASTIRRAHAVHPITAVQNEWSLWSRDLEEELIPTCRELGIGIVPYSPLGRGFFSVGPKLIQNLPEGDMRKLFPRFKAENFETNKVVYEKISEMATRKGC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器