当前解析结果
SmilChr08G001834| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001834 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001834 |
| 描述 | histone acetyltransferase HAC1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 15713964 - 15714861 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001367 |
|---|---|
| GeneID | 131001367 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001367 |
| 原始查询 | LOC131001367 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | histone acetyltransferase HAC1-like |
| 产物 | histone acetyltransferase HAC1-like |
| Arabidopsis | AT1G79000 (HAC1)histone acetyltransferase of the CBP family 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844241] identity=37.6; qcov=0.779; evalue=7.05e-13; confidence=low |
| Rice | Os02g0137500 (OsHAC703)- identity=35.2; qcov=0.871; evalue=6.68e-13; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02135 (zf-TAZ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001367 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057783725.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057783725.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783725.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057783725.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057783725.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:15714093 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A24,A5,C81 |
Chr8:15714445 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 39 | A3,A4,A7,A8,A9,B1,B10,B111,B119,B123,B124,B131,B134,B136,B139,B15,B25,B47,B55,B60,B63,B68,B76,B79,B9,B92,C11,C13,C22,C28,C3,C45,C56,C67,C7,C71,C87,D1,D10 |
Chr8:15714447 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 39 | A3,A4,A7,A8,A9,B1,B10,B111,B119,B123,B124,B131,B134,B136,B139,B15,B25,B47,B55,B60,B63,B68,B76,B79,B9,B92,C11,C13,C22,C28,C3,C45,C56,C67,C7,C71,C87,D1,D10 |
Chr8:15714513 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783725.1PF02135
zf-TAZ 30-92 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783725.1 |
Pfam | PF02135 |
zf-TAZ | Family | 30 | 92 | 8e-07 | 30.1 | TAZ zinc finger |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。