当前解析结果
SmilChr08G001878| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001878 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001878 |
| 描述 | inactive TPR repeat-containing thioredoxin TTL3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 16238801 - 16241864 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001415 |
|---|---|
| GeneID | 131001415 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001415 |
| 原始查询 | LOC131001415 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | inactive TPR repeat-containing thioredoxin TTL3-like |
| 产物 | inactive TPR repeat-containing thioredoxin TTL3-like |
| Arabidopsis | AT5G65160 (TPR14)tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836639] identity=47.9; qcov=0.893; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0218200- identity=40.8; qcov=0.736; evalue=5.83e-114; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00085 (Thioredoxin); PF00515 (TPR_1); PF07719 (TPR_2); PF13181 (TPR_8); PF13432 (TPR_16) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001415 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057783784.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057783784.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057783784.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057783784.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783784.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:16239707 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C2,C40 |
Chr8:16239856 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B29 |
Chr8:16239910 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr8:16240045 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr8:16240951 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr8:16240985 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C19 |
Chr8:16240992 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B124,C46 |
Chr8:16240998 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B6,C12,D11 |
Chr8:16241063 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,B29 |
Chr8:16241212 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B6 |
Chr8:16241235 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,B78 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783784.1PF07719
TPR_2 183-215 aa
PF13432
TPR_16 188-249 aa
PF00515
TPR_1 452-484 aa
PF13181
TPR_8 453-483 aa
PF13432
TPR_16 463-518 aa
PF00085
Thioredoxin 554-640 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783784.1 |
Pfam | PF07719 |
TPR_2 | Repeat | 183 | 215 | 1.7e-31 | 106.4 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057783784.1 |
Pfam | PF13432 |
TPR_16 | Repeat | 188 | 249 | 2.1e-17 | 63.9 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057783784.1 |
Pfam | PF00515 |
TPR_1 | Repeat | 452 | 484 | 1.3e-24 | 85.6 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057783784.1 |
Pfam | PF13181 |
TPR_8 | Repeat | 453 | 483 | 2.7e-14 | 52.8 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057783784.1 |
Pfam | PF13432 |
TPR_16 | Repeat | 463 | 518 | 2.1e-17 | 63.9 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057783784.1 |
Pfam | PF00085 |
Thioredoxin | Domain | 554 | 640 | 6.9e-06 | 26.7 | Thioredoxin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。