Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001890

染色体: Chr08 坐标: 16396906-16400068 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001890
名称SmilChr08G001890
描述BTB/POZ domain-containing protein DOT3
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向16396906 - 16400068 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001420
GeneID131001420
locus_tag-
NCBI NameLOC131001420
原始查询LOC131001420

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BTB/POZ domain-containing protein DOT3
产物BTB/POZ domain-containing protein DOT3
ArabidopsisAT5G10250 (DOT3)
Phototropic-responsive NPH3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830889]
identity=55.3; qcov=0.915; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0568200 (CPT1)
-
identity=39.1; qcov=1.11; evalue=1.8e-132; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00651 (BTB); PF03000 (NPH3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001420

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783792.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057783792.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057783792.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783792.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783792.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:16397953 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 7 B135,B35,C29,C61,C78,C85,D2
Chr8:16398589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr8:16398728 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B94,C16,C40
Chr8:16398737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:16398951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B33
Chr8:16399211 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 A9
Chr8:16399211 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 A9
Chr8:16399287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B35,C61,C85
Chr8:16399915 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B114
Chr8:16400032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783792.1
506 aa
N
1
253
506
BTB
NPH3
C
PF00651 BTB 70-160 aa PF03000 NPH3 229-500 aa
XP_057783793.1
506 aa
N
1
253
506
BTB
NPH3
C
PF00651 BTB 70-160 aa PF03000 NPH3 229-500 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783792.1 Pfam PF00651 BTB Domain 70 160 4.1e-07 30.9 BTB/POZ domain
XP_057783792.1 Pfam PF03000 NPH3 Family 229 500 2.6e-85 286.9 NPH3 family
XP_057783793.1 Pfam PF00651 BTB Domain 70 160 4.1e-07 30.9 BTB/POZ domain
XP_057783793.1 Pfam PF03000 NPH3 Family 229 500 2.6e-85 286.9 NPH3 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093928.1
ATGCAGCCTAGCATCATTACCAGTGCGCAGCAACGAGCGAAGAACATGGAGCTTTCTATCGAGCAGGAGCAGCACCAGAGTTCAGCAAACAACTCTGATCGCATCACTTCACCAGAGGATCAACGGATTATAGTTCCCTCCGAATTCATAGCAGCAGAAGAATATGGCTTCGAGAAGAAAGAACATTCATGGCTTGCCATGTCTCAGATTCCAACGGATCTGTCAATTCAAGTTCAAGAAATCACCTTCTACGTCCACAA...
XR_009093927.1
ATGCAGCCTAGCATCATTACCAGTGCGCAGCAACGAGCGAAGAACATGGAGCTTTCTATCGAGCAGGAGCAGCACCAGAGTTCAGCAAACAACTCTGATCGCATCACTTCACCAGAGGATCAACGGATTATAGTTCCCTCCGAATTCATAGCAGCAGAAGAATATGGCTTCGAGAAGAAAGAACATTCATGGCTTGCCATGTCTCAGATTCCAACGGATCTGTCAATTCAAGTTCAAGAAATCACCTTCTACGTCCACAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001420
ATGCAGCCTAGCATCATTACCAGTGCGCAGCAACGAGCGAAGAACATGGAGCTTTCTATCGAGCAGGAGCAGCACCAGAGTTCAGCAAACAACTCTGATCGCATCACTTCACCAGAGGATCAACGGATTATAGTTCCCTCCGAATTCATAGCAGCAGAAGAATATGGCTTCGAGAAGAAAGAACATTCATGGCTTGCCATGTCTCAGATTCCAACGGATCTGTCAATTCAAGTTCAAGAAATCACCTTCTACGTCCACAA...
LOC131001420
ATGCAGCCTAGCATCATTACCAGTGCGCAGCAACGAGCGAAGAACATGGAGCTTTCTATCGAGCAGGAGCAGCACCAGAGTTCAGCAAACAACTCTGATCGCATCACTTCACCAGAGGATCAACGGATTATAGTTCCCTCCGAATTCATAGCAGCAGAAGAATATGGCTTCGAGAAGAAAGAACATTCATGGCTTGCCATGTCTCAGATTCCAACGGATCTGTCAATTCAAGTTCAAGAAATCACCTTCTACGTCCACAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057783792.1
MQPSIITSAQQRAKNMELSIEQEQHQSSANNSDRITSPEDQRIIVPSEFIAAEEYGFEKKEHSWLAMSQIPTDLSIQVQEITFYVHKYPLISKCGYFSRIQLQPQNSDECCDVKLDNFPGGAKTFEIILKFCYGLPISLNVSNVAALRCASEFLEMTEALEDGNLISKTEAFFTFVVLSSWGDSITVLKSCETLSPWTENLQIVRRCCDTIAWKISRETSTGGLVNGEKWWFNDVCTLRIDYFTRIITGLKAKGMKPEII...
XP_057783793.1
MQPSIITSAQQRAKNMELSIEQEQHQSSANNSDRITSPEDQRIIVPSEFIAAEEYGFEKKEHSWLAMSQIPTDLSIQVQEITFYVHKYPLISKCGYFSRIQLQPQNSDECCDVKLDNFPGGAKTFEIILKFCYGLPISLNVSNVAALRCASEFLEMTEALEDGNLISKTEAFFTFVVLSSWGDSITVLKSCETLSPWTENLQIVRRCCDTIAWKISRETSTGGLVNGEKWWFNDVCTLRIDYFTRIITGLKAKGMKPEII...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器