当前解析结果
SmilChr08G001882| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001882 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001882 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G001882 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 16342971 - 16343671 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001436 |
|---|---|
| GeneID | 131001436 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001436 |
| 原始查询 | LOC131001436 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | nitric oxide synthase-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830885]; symbol=AT5G10210; hit=AT5G10210; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | nitric oxide synthase-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830885]; symbol=AT5G10210; hit=AT5G10210; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G10210 (AT5G10210)nitric oxide synthase-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830885] identity=37.9; qcov=1.03; evalue=1.12e-32; confidence=medium |
| Rice | Os04g0455700- identity=28; qcov=0.641; evalue=6.72e-06; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF25334 (C2_GRDP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001436 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057783819.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057783819.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057783819.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057783819.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783819.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:16343061 |
G |
GAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B109,B131,B32,B63,B65,B82,C8 |
Chr8:16343094 |
T |
TGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C17 |
Chr8:16343094 |
T |
TGA |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr8:16343275 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B23 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783819.1PF25334
C2_GRDP 9-128 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783819.1 |
Pfam | PF25334 |
C2_GRDP | Domain | 9 | 128 | 2.5e-06 | 28.3 | C2 domain of glycine-rich domain-containing protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。