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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001931`

染色体: Chr08 坐标: 16895273-16896459 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001931`
名称	SmilChr08G001931
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	16895273 - 16896459 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001471`
GeneID	`131001471`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001471`
原始查询	`LOC131001471`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like
Arabidopsis	`AT1G72220` (AT1G72220) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843554] identity=63.8; qcov=0.437; evalue=4.57e-38; confidence=low
Rice	`Os04g0450400` - identity=64.6; qcov=0.381; evalue=9.8e-35; confidence=low
GO	GO:0016567 (protein ubiquitination)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF12861 (zf-ANAPC11); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001471

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057783843.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057783843.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057783843.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057783843.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783843.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:16895652`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B4,B54
`Chr8:16895697`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,C63,C73,D6
`Chr8:16895850`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr8:16895915`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr8:16895925`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B10,B110,C20
`Chr8:16895925`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,B110,C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783843.1

215 aa

108

215

zf-RING_11

zf-RING_2

zf-C3HC4

zf-C3HC4_2

zf-rbx1

zf-ANAPC11

PF17123 zf-RING_11 108-137 aa PF13639 zf-RING_2 108-151 aa PF00097 zf-C3HC4 109-150 aa PF13923 zf-C3HC4_2 109-150 aa PF12678 zf-rbx1 123-151 aa PF12861 zf-ANAPC11 124-153 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783843.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	108	137	1.5e-11	44.5	RING-like zinc finger
`XP_057783843.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	108	151	7.7e-14	52.4	Ring finger domain
`XP_057783843.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	109	150	7.4e-07	29.6	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057783843.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	109	150	2.7e-08	34.2	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057783843.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	123	151	7.3e-09	36.5	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057783843.1`	Pfam	`PF12861`	zf-ANAPC11	Domain	124	153	1.7e-05	25.5	Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927860.1
TTCCAGATTTAATGGGATCTGTTTTTGAATAATCAAGAATTAAATCAAGGGCAATTTGAACATAGATCAAAGTATTTGATATAATTTGAATTTTCTAAAGTTTATGGGGAAAATGGATTCTGAACAAAGCTCGTGATATTACACGCAATTAACCCTAATCAAAATTAGGTAATTTTGAGAGTGGAACACCCTATGTCGGAAAGTCAAGTTCTCGCGACCTAGGGAGTACGCAAACGCGTTACAACTAAAGAGAAATTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001471
ATGGGCAGAAAGATTTTATCAGAAGCCGATATCTGCGGCCCGTGCTACCGGAAGCATCCAGTGTCGACATCATTAGTGTTGTCCCTCGGGATTGCCGGCGCCGCTCTTCTGATCCTGTCGTACTTAGCGCTGCGCAGATGCGTGTGGCGGCGGCGGAGGGGATCTCCGGCGCCGATGACTTACAGCAATAGAGAAGAACTGGCGGGGCCCGTGATTGATCATCCCATATGGTACATCCGCACTACGGGGCTCCCGCAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783843.1
MGRKILSEADICGPCYRKHPVSTSLVLSLGIAGAALLILSYLALRRCVWRRRRGSPAPMTYSNREELAGPVIDHPIWYIRTTGLPQSLIESIQQMKYKKGEGLIGTSDCSVCLSEFVDGETLRLLPKCRHAFHVACIDTWLGSHTNCPLCRASILDDGEEGSGEISDEMERVSVRRSVSLDISSAVNNNTFEANKAFSSKRSVSMSGCGSSSILV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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