Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001942`

染色体: Chr08 坐标: 17048853-17051350 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001942`
名称	SmilChr08G001942
描述	uncharacterized SmilChr08G001942
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	17048853 - 17051350 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001479`
GeneID	`131001479`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001479`
原始查询	`LOC131001479`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os06g0523701` - identity=45; qcov=0.732; evalue=2.64e-47; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	PF24964 (DUF7769)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001479

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057783851.1`
2	Chromosome	染色体	0.80000	`XP_057783851.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057783851.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783851.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057783851.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:17049677`	`G`	`GTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B36
`Chr8:17049677`	`G`	`GTT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B36
`Chr8:17049698`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,D4
`Chr8:17049724`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	57	A1,A18,A8,A9,B10,B105,B106,B107,B11,B117,B119,B12,B120,B125,B133,B136,B139,B14,B28,B3,B41,B45,B5,B50,B52,B61,B62,B64,B66,B75,B77,B79,B8,B83,B86,B91,B93,B94,C1,C10,C11,C13,C25,C34,C38,C47,C52,C62,C65,C69,C7,C72,C74,C77,C84,C86,D3
`Chr8:17049727`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	A19,C55,C80
`Chr8:17049727`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	A19,C55,C80
`Chr8:17049728`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,C55,C80
`Chr8:17049748`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	A10,B112,B138,B91,C46,C52,C79
`Chr8:17049815`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B10,B33,C14,C45
`Chr8:17049840`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,B104
`Chr8:17049850`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A24
`Chr8:17049850`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783851.1

246 aa

123

246

DUF7769

PF24964 DUF7769 53-103 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783851.1`	Pfam	`PF24964`	DUF7769	Domain	53	103	2.1e-23	82.4	Domain of unknown function (DUF7769)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XR_009093951.1
AATTCTGCCAGCATACGTCTTTTTTGTTTTTTCTTTTTTAGGAGTCCACTATACCTCTTTTTATTCTCAACCATAGGAAAATGTCTTCATCTTCTCTACGTCTTCTCTGTAGGAGTACTCAATCGATCATCTGCAAATTTGATTAAGGGGGGAATTTTACAAGATTTTGACAGACAATTTTAAAGAAATTTGAATTTTTTGTGTGTGGAAAAATTTGAGATCTCCATGGATTCAAATTTCACAATTAATTTAAACCAACC...

XR_009093950.1
ATTCTCAACCATAGGAAAATGTCTTCATCTTCTCTACGTCTTCTCTGTAGGAGTACTCAATCGATCATCTGCAAATTTGATTAAGGGGGGAATTTTACAAGATTTTGACAGACAATTTTAAAGAAATTTGAATTTTTTGTGTGTGGAAAAATTTGAGATCTCCATGGATTCAAATTTCACAATTAATTTAAACCAACCTCCTACTGTCGCCGACCATGAATTACATAGGGAAAATCCTGAAATCCCAATTTATACGACGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001479
ATGATGGGGGCAGGGTCTTCAGATTCATCAGAGGAGGAGATAGCTGTCCGACAAACCGAAGATAACGATGCGACGAGGATCGTGAATGAACAAACAAGGATATCTTTAGATGAACCAAATTTACAAGCCAACGTTCAAGTAAGGAAAAGAAGGGTCCTAACCAACAATGAACGAAGAGCAGTTTACTGTGCTTTATTGGAAAAGAGTGTTAATGGTAAATTGAAAAAGAACACAACAAAAGAGGTTCAAGATATGTTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783851.1
MMGAGSSDSSEEEIAVRQTEDNDATRIVNEQTRISLDEPNLQANVQVRKRRVLTNNERRAVYCALLEKSVNGKLKKNTTKEVQDMFNINPRTMQRIWKIHKKTPPGIDVDVLSRKARNCGRKRIEVDLSPVQQIDLHQRTTLTSLSEALRVSYLKLYRLFKQGVLRRHSSAIKPYLKEENKTIRLEFCLSMLDESTIFNDPKFKGMYNYVHSDDKWFYLMKKDQTYYLLDNEGDPDRSCRSKIRKH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器