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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001131

染色体: Chr01 坐标: 23005937-23007193 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001131
名称SmilChr01G001131
描述uncharacterized SmilChr01G001131
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向23005937 - 23007193 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001482
GeneID131001482
locus_tag-
NCBI NameLOC131001482
原始查询LOC131001482

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001482

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057783887.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057783887.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057783887.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057783887.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783887.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:23005941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,B73,C17,C84
Chr1:23005978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr1:23005982 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 37 A10,A19,A22,B102,B103,B109,B112,B122,B130,B14,B16,B26,B3,B32,B35,B36,B51,B59,B70,B74,B78,B83,B86,B95,B98,C19,C23,C24,C27,C28,C39,C46,C57,C71,C73,D1,D5
Chr1:23005984 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B49,B68,B93
Chr1:23005990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr1:23006009 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B120,B25,B78,C2
Chr1:23006009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B25,B78,C2
Chr1:23006017 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,A19,B139,B76,C47
Chr1:23006042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B63,D10
Chr1:23006043 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 7 A10,B131,B134,B92,C35,C84,D6
Chr1:23006045 GGA G 2bp_deletion frameshift_variant 7 A10,B131,B134,B92,C35,C84,D6
Chr1:23006058 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927904.1
ATGGGATCGGGAGAAATTCTCTATGAGTACTGGGGAAGATTCAAACAGATGTTGGCTAAATGCCCACAACACCAAATACCGGATCATGACCTTATTCGGTATTTCGTGGGAGGACTCCGAAGGCAAGATAGACAATGGTTACATGCTGCATGTGGAGGATCGATCCTAAATAAATCCGCAGCAGAGGCTTTCAAGCTCATAGCCGACATGGCCGAGGAATCGAGAGATGAGGAAGGGACTATAGTCAGAACTACTCCGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001482
ATGGGATCGGGAGAAATTCTCTATGAGTACTGGGGAAGATTCAAACAGATGTTGGCTAAATGCCCACAACACCAAATACCGGATCATGACCTTATTCGGTATTTCGTGGGAGGACTCCGAAGGCAAGATAGACAATGGTTACATGCTGCATGTGGAGGATCGATCCTAAATAAATCCGCAGCAGAGGCTTTCAAGCTCATAGCCGACATGGCCGAGGAATCGAGAGATGAGGAAGGGACTATAGTCAGAACTACTCCGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783887.1
MGSGEILYEYWGRFKQMLAKCPQHQIPDHDLIRYFVGGLRRQDRQWLHAACGGSILNKSAAEAFKLIADMAEESRDEEGTIVRTTPVQAPSAQDDKLDKLCNMFEKFMTNQGTPNQGIPNIRKPLKPGGNNGGQHQKPFEPYRQQYNNQGWRQHENLRYGNNNFLGPNQGQTSNPPQYSQQPQQARESSLSELVHQMAQQQVKFQQATEKFIMETRGGMQNVNSQLSHLAQAVARLESKQGELPSQVEVKKVNAMTLRGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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