当前解析结果
SmilChr08G001975| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001975 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001975 |
| 描述 | kinase-interacting protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 17438047 - 17441581 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001510 |
|---|---|
| GeneID | 131001510 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001510 |
| 原始查询 | LOC131001510 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | kinase-interacting protein 1 |
| 产物 | kinase-interacting protein 1 |
| Arabidopsis | AT2G22560 (NET2D)Kinase interacting (KIP1-like) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816788] identity=43.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium |
| Rice | Os05g0119400- identity=43.2; qcov=0.468; evalue=8.76e-104; confidence=medium |
| GO | GO:0003779 (actin binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07765 (KIP1); PF24918 (NET2A_C); PF25014 (NET2A) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001510 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057783886.1 |
| 2 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057783886.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057783886.1 |
| 4 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 0.20000 | XP_057783886.1 |
| 5 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057783886.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:17438568 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:17440050 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A8,B88 |
Chr8:17440716 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,B22 |
Chr8:17441285 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783886.1PF07765
KIP1 11-84 aa
PF25014
NET2A 229-453 aa
PF24918
NET2A_C 801-972 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783886.1 |
Pfam | PF07765 |
KIP1 | Family | 11 | 84 | 8.3e-35 | 119.5 | KIP1-like protein |
XP_057783886.1 |
Pfam | PF25014 |
NET2A | Domain | 229 | 453 | 2.3e-71 | 241.1 | NET2A-like domain |
XP_057783886.1 |
Pfam | PF24918 |
NET2A_C | Domain | 801 | 972 | 7.7e-73 | 244.9 | NET2A, C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。