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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001983

染色体: Chr08 坐标: 17538512-17542913 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001983
名称SmilChr08G001983
描述KH domain-containing protein HEN4-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向17538512 - 17542913 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001518
GeneID131001518
locus_tag-
NCBI NameLOC131001518
原始查询LOC131001518

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述KH domain-containing protein HEN4-like
产物KH domain-containing protein HEN4-like
ArabidopsisAT2G22600 (AT2G22600)
RNA-binding KH domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816791]
identity=30.8; qcov=1.03; evalue=3.02e-73; confidence=low
RiceOs09g0498600
-
identity=29.3; qcov=0.901; evalue=2.84e-67; confidence=low
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0010468 (regulation of gene expression)
KEGG-
PfamPF00013 (KH_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001518

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783900.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783900.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783900.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783900.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057783900.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:17539048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B70
Chr8:17539066 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr8:17539119 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:17539319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B46
Chr8:17539446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B37,B78,B91
Chr8:17539457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B78,B91
Chr8:17539458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B26,B51,C35,C77
Chr8:17539462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B78,B91
Chr8:17540517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C60
Chr8:17540522 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C61
Chr8:17540562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B119,B15,C37,D6
Chr8:17540564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B119,B15,C37,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783900.1
636 aa
N
1
318
636
KH_1
KH_1
KH_1
KH_1
C
PF00013 KH_1 45-97 aa PF00013 KH_1 155-221 aa PF00013 KH_1 297-346 aa PF00013 KH_1 569-631 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783900.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 45 97 1.7e-50 169.4 KH domain
XP_057783900.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 155 221 1.7e-50 169.4 KH domain
XP_057783900.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 297 346 1.7e-50 169.4 KH domain
XP_057783900.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 569 631 1.7e-50 169.4 KH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927917.1
TGAGTATATTATTTTTGAAAAATCTTTTTTCTTTTGGACAAGGAATCTCGCCTACAATTAGAATTTGTAAATGATTCGTTGTGGGGATTTTACGAAATATAGGTTGTGCATAAACTGCACACTCCATGAATGACAACCGACAAAAACTAGGCTGATTGGAGGTATTTTGCCTTTGATCTGGAGTATTATTTTTGGCAAGACAAATCAAATATACGACAGAAACTCCGATTCCTATTCTAATCCTATTTTCATTGCGCTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001518
ATGGAGGAGACCACTCCCTTTCCCTCTCAGAAAATCCCCAAATCGGGACCCAAGCAGCCGCCGACCAACCATCGGAGCTCCGCCAACCCTAAACAGAGCCATCCCGACGCCCCTGCCGCCGGCCAGGTGGCGTACCGCCTCCTGTGCCACGTCCACACTGCCGGCGGCGTGATTGGGAACTCCGGCTCCATTATCAAGCAGCTGGAAACCCTAACCGGGTCCAGAATACGGTTCGAGGAGGGCCTCCCCAACTGCCACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783900.1
MEETTPFPSQKIPKSGPKQPPTNHRSSANPKQSHPDAPAAGQVAYRLLCHVHTAGGVIGNSGSIIKQLETLTGSRIRFEEGLPNCHERVVNIVGDAALVRKISVGGGEEENTVSVSKAQEGLMRVFERVLEVEGNTGKNDNGDDNEHRSNGLIVCRLLAPTVQIGALMGKGGKIVDAIRKSTGAKIRVFKKEQIPSCAAPEEELIQIVGGVLAVKKALVAVSRRLQDRTLSEGAPGHISTHGASQNSHSDFSLKNNTCTL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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