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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001981

染色体: Chr08 坐标: 17525053-17528898 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001981
名称SmilChr08G001981
描述uncharacterized SmilChr08G001981
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向17525053 - 17528898 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001519
GeneID131001519
locus_tag-
NCBI NameLOC131001519
原始查询LOC131001519

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription initiation factor TFIID subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836680]; symbol=AT5G65540; hit=AT5G65540; species=arabidopsis; confidence=high
产物transcription initiation factor TFIID subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836680]; symbol=AT5G65540; hit=AT5G65540; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G65540 (AT5G65540)
transcription initiation factor TFIID subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836680]
identity=49.9; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0802300
-
identity=38.4; qcov=0.885; evalue=1.69e-97; confidence=medium
GOGO:0046982 (protein heterodimerization activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001519

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783902.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057783902.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783902.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783902.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057783902.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:17525180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B14,B64
Chr8:17525202 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B37
Chr8:17525205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr8:17525323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr8:17525367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr8:17526728 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:17526807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr8:17526971 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:17527024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr8:17527100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B122,B25,B46,D11
Chr8:17527166 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B91,C21,C36
Chr8:17527376 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927919.1
GACACTTAACTGATAATATGGTCCGGCCCAATTATTATGGGATCCGCCCTGCCCCTGCTGGCTCATAATTTTGATTAGAAATACTGCAAAACTCAAAATCAAAGAGCAAAATTCTCAGTAAAAATGGCGCTTTTGGGCGAGGACGGGCGGGGCTATGAGCTGGCAAGGAAGCTGGAGAGCCAGGGCGTCTGGCGGTCGTGGCTCGGCGACGCCCTCTACTCCTCCTTCATTCCGTTCCTCTCGTCGCCGGCCGCCTGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001519
ATGGCGCTTTTGGGCGAGGACGGGCGGGGCTATGAGCTGGCAAGGAAGCTGGAGAGCCAGGGCGTCTGGCGGTCGTGGCTCGGCGACGCCCTCTACTCCTCCTTCATTCCGTTCCTCTCGTCGCCGGCCGCCTGGGACGCCTTTATGCGCCCCGACGACTCCAAGTCTAAGCCGCAGATCTCGCTCCAGCTCCGAGCGCGCGCTCTTCTCTTCGACAAAGCCTCCGTCTCTCTCTTCGCGCAGCCTACCGCTCTCTCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783902.1
MALLGEDGRGYELARKLESQGVWRSWLGDALYSSFIPFLSSPAAWDAFMRPDDSKSKPQISLQLRARALLFDKASVSLFAQPTALSKLNPNYLELHGDDVYFTLENGAQDVDQRQPGGAASSTTSSKGHSKASIGVGSRFSEPEVDAVSQRLKLEELPETWYTQFFEKYRASKSYRLMFGDRESEKRTPEQMSTYLRLIENHKRRRVAFVDNISNLRTNPLMVDGSAADDAPFFPETMYILNCVPDSAVLKTRKFENYQK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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