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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002053

染色体: Chr08 坐标: 18376140-18400064 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002053
名称SmilChr08G002053
描述uncharacterized SmilChr08G002053
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向18376140 - 18400064 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001527
GeneID131001527
locus_tag-
NCBI NameLOC131001527
原始查询LOC131001527

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase family protein with FAT domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816303]; symbol=AT2G17930; hit=AT2G17930; species=arabidopsis; confidence=high
产物Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase family protein with FAT domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816303]; symbol=AT2G17930; hit=AT2G17930; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G17930 (AT2G17930)
Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase family protein with FAT domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816303]
identity=79.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0645100
-
identity=77.5; qcov=0.217; evalue=0; confidence=weak
GOGO:0000124 (SAGA complex); GO:0003712 (transcription coregulator activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006281 (DNA repair); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0035267 (NuA4 histone acetyltransferase complex)
KEGGsmil03082 (ATP-dependent chromatin remodeling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00454 (PI3_PI4_kinase); PF02259 (FAT); PF02260 (FATC); PF20175 (Tra1_central); PF20206 (Tra1_ring)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001527

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057783912.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057783912.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057783912.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057783912.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783912.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:18377031 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,C46,C82
Chr8:18377094 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr8:18377127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B129,C41,C8,D7
Chr8:18378500 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B7,B80,C48
Chr8:18379230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C35
Chr8:18379233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr8:18379752 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr8:18379901 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B2
Chr8:18380012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr8:18380310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:18380499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B108,B71,C80
Chr8:18380541 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,C46,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783912.1
3905 aa
N
1
1952
3905
Tra1_central
Tra1_ring
FAT
PI3_PI4_kinase
FATC
C
PF20175 Tra1_central 268-836 aa PF20206 Tra1_ring 848-2674 aa PF02259 FAT 2819-3157 aa PF00454 PI3_PI4_kinase 3572-3818 aa PF02260 FATC 3874-3905 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783912.1 Pfam PF20175 Tra1_central Repeat 268 836 7.3e-154 514.4 Tra1 HEAT repeat central region
XP_057783912.1 Pfam PF20206 Tra1_ring Repeat 848 2674 0 1462.6 Tra1 HEAT repeat ring region
XP_057783912.1 Pfam PF02259 FAT Repeat 2819 3157 5.7e-43 148.2 FAT domain
XP_057783912.1 Pfam PF00454 PI3_PI4_kinase Family 3572 3818 3.6e-26 93.3 Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase
XP_057783912.1 Pfam PF02260 FATC Family 3874 3905 3.3e-07 30.6 FATC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927929.1
GCGTATAAACTGGCGGAGCCGTTCTACATTGCAAAGGCTTCCTCTGTGAGGGGGGAAAATACACTTGTGCGCAACGCTCCCCTTGTTTGATGTGATCACTAACTGAAAAACCCCCATTCCTCACCTCACTGCTTCTTCCCCAAATCAAAACCCTAGATTTCTCAATTAACCCACCTAATCAACAATTTCTCTGAAAAAGGCTCTTTAATCCCGACGCTACCACCATCACATGTACATCTCCTTCCCCCATGTTCGACGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001527
ATGAGCCCGGTTCAGAATTTCGAGCAGCACTCGCGGCACCTAATCGAACCCGACCTTCCAATTCAGACTAGGCTGCAAATGGCGATGGAGGTAAGGGACAGTTTGGAAATTTGCCATACAGGGGAGTATTTGAACTTCTTGAGGTGCTATTTCCGTGCGTTTTCGACAATTTTACATCAAACTACCAAGCCCCAGTTTGTTGACAACCAGGAGCACAAGCTTCGCAACATTATAATTGAGATTCTTAATCGCCTGCCCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783912.1
MSPVQNFEQHSRHLIEPDLPIQTRLQMAMEVRDSLEICHTGEYLNFLRCYFRAFSTILHQTTKPQFVDNQEHKLRNIIIEILNRLPHSEVLRPFVQELLKVAMHVLTTDNEENGLICIRIIFDLLRNFRPSLETEVQPFLDFVCKIYQNFRATVSYFFENGAMMAPPPPLPSTSGSMGSSLSGDDVKAMEVTDQVGPSGSYVGVSGQLNPSTRSFKVVTESPLVVMFLFQLYGRLVQTNIPHLLPLMVAAISVPGPEKVP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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