Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002151

染色体: Chr08 坐标: 19362940-19396201 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002151
名称SmilChr08G002151
描述protein SWEETIE
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19362940 - 19396201 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001528
GeneID131001528
locus_tag-
NCBI NameLOC131001528
原始查询LOC131001528

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SWEETIE
产物protein SWEETIE
ArabidopsisAT1G67140 (SWEETIE)
HEAT repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843034]
identity=58.3; qcov=0.951; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0505302
-
identity=58.2; qcov=0.465; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG-
PfamPF20210 (Laa1_Sip1_HTR5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001528

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783913.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057783913.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057783913.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057783913.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783913.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19363868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B26,C77
Chr8:19363902 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C22
Chr8:19363902 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C22
Chr8:19369929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:19370124 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:19371385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr8:19373824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B130,C50
Chr8:19375037 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:19375137 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B28,B77
Chr8:19377533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:19377793 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr8:19378005 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783913.1
2220 aa
N
1
1110
2220
Laa1_Sip1_HTR5
C
PF20210 Laa1_Sip1_HTR5 1227-1412 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783913.1 Pfam PF20210 Laa1_Sip1_HTR5 Repeat 1227 1412 8.6e-44 150.3 Laa1/Sip1/HEATR5 HEAT repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927930.1
TTTAATTTCATTTCACTTCAATGAAAATAGAGTTGCGAAATCCTAAATTTGATCCCCAAAACCCAAAATCGACCTTTGCCACCAAACAGCACCTTCTCAGATCCTAACACAGGCAAGCAGACTTGCCATTTCGCACACACTCACGCGCTCCGCCGCAAAATGGCGAGGAATTACGCCAGAGAGAACATGCAGCTCTCGAGGTTCGGCGTACTGGTGGCGCAGCTCGAATCAATAGTCGCCTCCGCCGCGCACAAGCCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001528
ATGGCGAGGAATTACGCCAGAGAGAACATGCAGCTCTCGAGGTTCGGCGTACTGGTGGCGCAGCTCGAATCAATAGTCGCCTCCGCCGCGCACAAGCCACCGGACGCACTTCTCTGTTTCGATCTTTTGTCTGATCTCATCTCCGCCATTGAAGAAGAGCCCAAGGAGTCCGTATTGCAATGGCAAAGGAAATGTGAGGATGCACTATATTCATTGCTGGTGCTCGGAGCTCGTAGGCCCGTGCGGCATCTGGCATCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783913.1
MARNYARENMQLSRFGVLVAQLESIVASAAHKPPDALLCFDLLSDLISAIEEEPKESVLQWQRKCEDALYSLLVLGARRPVRHLASEAMANIILKGDSISIYSRASSLQGFLSDGKRSEAQKVAGASQCLGILYRYFGRRIVSGLLETTNIVSKLLKFNEDFVRQEALRMLHNALEGSDGSAASAAYTEAFRVIMRAGVGDKSPRVKIAAARCLKAFANIGGPGLGIGELENCLSYCVKALEDPVKPVRDAFADALGALL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器