当前解析结果
SmilChr08G002151| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002151 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002151 |
| 描述 | protein SWEETIE |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 19362940 - 19396201 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001528 |
|---|---|
| GeneID | 131001528 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001528 |
| 原始查询 | LOC131001528 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SWEETIE |
| 产物 | protein SWEETIE |
| Arabidopsis | AT1G67140 (SWEETIE)HEAT repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843034] identity=58.3; qcov=0.951; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0505302- identity=58.2; qcov=0.465; evalue=0; confidence=medium |
| GO | GO:0005975 (carbohydrate metabolic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF20210 (Laa1_Sip1_HTR5) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001528 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057783913.1 |
| 2 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057783913.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057783913.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057783913.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783913.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:19363868 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,B26,C77 |
Chr8:19363902 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C22 |
Chr8:19363902 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C22 |
Chr8:19369929 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:19370124 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:19371385 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B115 |
Chr8:19373824 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,B130,C50 |
Chr8:19375037 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:19375137 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B136,B28,B77 |
Chr8:19377533 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr8:19377793 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
Chr8:19378005 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783913.1PF20210
Laa1_Sip1_HTR5 1227-1412 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783913.1 |
Pfam | PF20210 |
Laa1_Sip1_HTR5 | Repeat | 1227 | 1412 | 8.6e-44 | 150.3 | Laa1/Sip1/HEATR5 HEAT repeat region |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。