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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002129

染色体: Chr08 坐标: 19170230-19175271 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002129
名称SmilChr08G002129
描述uncharacterized SmilChr08G002129
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19170230 - 19175271 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001542
GeneID131001542
locus_tag-
NCBI NameLOC131001542
原始查询LOC131001542

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RB1-inducible coiled-coil protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816262]; symbol=TRM26; hit=AT2G17550; species=arabidopsis; confidence=medium
产物RB1-inducible coiled-coil protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816262]; symbol=TRM26; hit=AT2G17550; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G17550 (TRM26)
RB1-inducible coiled-coil protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816262]
identity=37; qcov=1.02; evalue=2.5e-105; confidence=medium
RiceOs03g0130700
-
identity=31.8; qcov=1.06; evalue=5.43e-87; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF14309 (DUF4378)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001542

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057783979.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057783979.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.40000 XP_057783979.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783979.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783979.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19171301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C35
Chr8:19171601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C36
Chr8:19171962 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B125,B30,C21,C36
Chr8:19171977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,B47
Chr8:19172156 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B36,B47,C27
Chr8:19172658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B113,B114,C37,C63
Chr8:19172859 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B22
Chr8:19172934 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr8:19173194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr8:19173838 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr8:19174579 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 168 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B102,B103,B104,B106,B108,B109,B11,B111,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B127,B13,B130,B132,B135,B137,B139,B140,B17,B18,B2,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B29,B31,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B4,B42,B43,B44,B45,B47,B5,B50,B51,B52,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B63,B64,B66,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B84,B85,B87,B88,B91,B93,B95,B99,C1,C10,C11,C15,C19,C2,C21,C22,C24,C25,C28,C29,C3,C31,C33,C34,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C43,C44,C48,C49,C5,C51,C53,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C61,C62,C63,C65,C67,C69,C7,C72,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C85,C87,C9,D11,D2,D5,D8,D9
Chr8:19174582 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 173 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B102,B103,B104,B106,B108,B109,B11,B111,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B127,B13,B130,B132,B134,B135,B137,B139,B140,B17,B18,B2,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B29,B31,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B42,B43,B44,B45,B47,B5,B50,B51,B52,B57,B58,B59,B60,B61,B63,B64,B66,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B84,B85,B87,B88,B91,B93,B95,B99,C1,C10,C11,C15,C19,C2,C21,C22,C24,C25,C27,C28,C29,C3,C31,C33,C34,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C43,C44,C48,C49,C5,C51,C53,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C61,C62,C63,C65,C67,C69,C7,C72,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C85,C86,C87,C9,D11,D2,D4,D5,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783979.1
782 aa
N
1
391
782
DUF4378
C
PF14309 DUF4378 716-767 aa
XP_057783980.1
782 aa
N
1
391
782
DUF4378
C
PF14309 DUF4378 716-767 aa
XP_057783981.1
750 aa
N
1
375
750
DUF4378
C
PF14309 DUF4378 684-735 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783979.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 716 767 8.9e-07 30.1 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057783980.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 716 767 8.9e-07 30.1 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057783981.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 684 735 9.5e-07 30.0 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927996.1
ATCCGATTCAGTTAAATCGGTCTTGGAAAACATTTCGAGCCACGTGTCGAAATCTTAGCAGCACAGACATTACACCCGGTCAAAATAGAATTTGAAGAGAGAGAGAGAGAGGCTTTTGGGTTGCTGGTGGTGTGATTTCCAGCAATGGATTGTCATGCCAAAAGCACTACTTTTCTTCCTTCATTATTACTATCTGTACTTCACTCCATCTCATTCCTCGTCTTCCTCTTTCCACACAAGTTATACCTTCCCAAATTACG...
XM_057927998.1
TCAGTTAAATCGGTCTTGGAAAACATTTCGAGCCACGTGTCGAAATCTTAGCAGCACAGACATTACACCCGGTCAAAATAGAATTTGAAGAGAGAGAGAGAGAGGCTTTTGGGTTGCTGGTGGTGTGATTTCCAGCAATGGATTGTCATGCCAAAAGCACTACTTTTCTTCCTTCATTATTACTATCTGTACTTCACTCCATCTCATTCCTCGTCTTCCTCTTTCCACACAAGTTATACCTTCCCAAATTACGATTCGGT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131001542
ATGGGAAGATTTTTCCAGCTCCCGTACGTTAAAGAAGATTTAATGGCCCAGAATGTTGTTACAAGATATGGTGGCCTGGAGACACCGAGAAACAGTATGGAGCTGCCAGTGGAGACATTCTATGGCTTATATGCAGGAAGAGATAGTAAACTGTATTCTTGTCATTCAGCCAAGGAGGCACCCAAGAAGACATGTTCCACTGAGGCTCCAATCAAGAAATTAATTAGCGAAGAGATTTCTAAAAGATCAAATGCCAGACA...
LOC131001542
ATGGGAAGATTTTTCCAGCTCCCGTACGTTAAAGAAGATTTAATGGCCCAGAATGTTGTTACAAGATATGGTGGCCTGGAGACACCGAGAAACAGTATGGAGCTGCCAGTGGAGACATTCTATGGCTTATATGCAGGAAGAGATAGTAAACTGTATTCTTGTCATTCAGCCAAGGAGGCACCCAAGAAGACATGTTCCACTGAGGCTCCAATCAAGAAATTAATTAGCGAAGAGATTTCTAAAAGATCAAATGCCAGACA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057783979.1
MGRFFQLPYVKEDLMAQNVVTRYGGLETPRNSMELPVETFYGLYAGRDSKLYSCHSAKEAPKKTCSTEAPIKKLISEEISKRSNARQNAPSIVARLMGVDTLPVVLEEEPKMIGRMYETPARKFAEKEQPRKDSDRYDSFMWESSAQHSLDYFDQNFDSYSDHCSSHMKLRKPKRREHPQEQELQKFKKEFEAWQAARIMECSKVVEFSNSPCQTIMKDEVSEETKFCYDDSKRMESFDNLMEPNDLPVRLRETVASRNC...
XP_057783980.1
MGRFFQLPYVKEDLMAQNVVTRYGGLETPRNSMELPVETFYGLYAGRDSKLYSCHSAKEAPKKTCSTEAPIKKLISEEISKRSNARQNAPSIVARLMGVDTLPVVLEEEPKMIGRMYETPARKFAEKEQPRKDSDRYDSFMWESSAQHSLDYFDQNFDSYSDHCSSHMKLRKPKRREHPQEQELQKFKKEFEAWQAARIMECSKVVEFSNSPCQTIMKDEVSEETKFCYDDSKRMESFDNLMEPNDLPVRLRETVASRNC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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