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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004343

染色体: Chr01 坐标: 61598473-61602049 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004343
名称SmilChr01G004343
描述probable glycosyltransferase STELLO2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61598473 - 61602049 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001567
GeneID131001567
locus_tag-
NCBI NameLOC131001567
原始查询LOC131001567

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable glycosyltransferase STELLO2
产物probable glycosyltransferase STELLO2
ArabidopsisAT2G41770 (AT2G41770)
transmembrane protein, putative (DUF288) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818776]
identity=72; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0656400
-
identity=58.1; qcov=0.929; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03385 (STELLO)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001567

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057784024.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057784024.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784024.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784024.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784024.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:61599005 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B78,C5,D7
Chr1:61599035 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B24
Chr1:61599826 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,C47
Chr1:61599878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B40,C15,C62
Chr1:61599879 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:61600028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B66,C37
Chr1:61600090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B24
Chr1:61600189 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B66,B94,B97,C59
Chr1:61600216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,C37,C63,D9
Chr1:61600281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr1:61600287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C5
Chr1:61600627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C80,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784024.1
763 aa
N
1
382
763
STELLO
C
PF03385 STELLO 354-466 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784024.1 Pfam PF03385 STELLO Family 354 466 4.6e-11 42.9 STELLO glycosyltransferases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928041.1
TTGTCATTTTTCCTTTACCCACACCAGCAGTAGTTACAACTGATTGTCTTAGATTCAATCTTAAGCCAAAACCAGCTCCACTATCCCCTTTACTGTCGGCACCCCCTTCCCCCACCCCCACCCCTTATCAAGATTCAGACCAAACAAGAAATCCAAGTTGTAGTCAATGCTACACTGAATTTCGCAAGACTCGATTTTTTATACGCCTCCCTCACCATTACCATTTCCCTTCCGCTAGTGTGTGTTGTGTGTTCGCTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001567
ATGCTAGTCCAAGATCGCATTTTGCCCACTTCTGATTCGCCAAAACTCCACAATCAACGCAAACCCTTCTTCATTGCGTCGAAGAATCTCGATTTGTCGACGTGGGTCTCGGAGAATCTGTACAAGATCGTCACCATTCTCCTCCTGATCACTACCGTCGCCGCCCTTTTCTTCCTCCGCAACTACTCCACCGCCGGGGGCGATGCGGCGGCTCTGCTCTGCCTTCAGTCCACGCAGTCTCGTACCATCCACCCCAAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784024.1
MLVQDRILPTSDSPKLHNQRKPFFIASKNLDLSTWVSENLYKIVTILLLITTVAALFFLRNYSTAGGDAAALLCLQSTQSRTIHPKFPNINWNSIDRIVDKSTPFANFRSEKWIVVSVADYPSDSLRRMAKIKGWQVLAIGNSRTPKDWKLKGAIYLSLETQAQLGFRVVDYLPYDSYVRKTVGYLFAIQHGAQKIYDVDDRGNVIDDDIGKHFDVELVGEGARQEVILQYSHENPNRTVVNPYIHFGQRSVWPRGLPLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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