Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002060`

染色体: Chr08 坐标: 18466358-18468801 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002060`
名称	SmilChr08G002060
描述	endoglucanase 24-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	18466358 - 18468801 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001569`
GeneID	`131001569`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001569`
原始查询	`LOC131001569`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	endoglucanase 24-like
产物	endoglucanase 24-like
Arabidopsis	`AT1G75680` (GH9B7) glycosyl hydrolase 9B7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843902] identity=60.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0533900` (OsGH9B5) - identity=60.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00759 (Glyco_hydro_9)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001569

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057784022.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784022.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784022.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784022.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057784022.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:18466723`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr8:18466777`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6
`Chr8:18466986`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr8:18466999`	`GAC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B10,B125,B28,B79,B83,C13
`Chr8:18467013`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	27	A16,A18,B112,B126,B14,B16,B33,B42,B43,B49,B65,B73,B76,B89,B93,B98,C13,C2,C22,C29,C32,C4,C42,C43,C47,C68,D7
`Chr8:18467037`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,D7
`Chr8:18467097`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B51,C35
`Chr8:18467261`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,B78,C82
`Chr8:18467286`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D10
`Chr8:18467355`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:18467382`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,B9,C76,D8
`Chr8:18467440`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784022.1

524 aa

262

524

Glyco_hydro_9

PF00759 Glyco_hydro_9 55-510 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784022.1`	Pfam	`PF00759`	Glyco_hydro_9	Repeat	55	510	7.8e-159	530.3	Glycosyl hydrolase family 9

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928039.1
TTGAGTTAACAAATTCCACTAAACGAATTCACACAAGATTTTATGGTATTAAAATCTGAATAGTAATGAAATGAGTTAAGAATCCGCATCTGTTTAATTTGTAACCTCAGCATCAGCAATAGACAAAAACAAAGCAATGGGAATATATATGAATTATCAAACAAGGATTCCTTCCTCCTTATTTCTATCGAGAAAGTGATTATATCACAGCCACCTCAACATCTCCATGGGATATTACCGCTGATTCTACGTATGGATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001569
ATGGATGCCGAGAAGCACAAGTTGAGAGGCTGGAAATGGTGGCTTACTCTTCTCCTTATCACCACCCTCCTTATGGCTGCTTTTTACATCACTCTCAGGAGAGAATTCCGATCGTTCAGCGTTTTCAATCGCTCTCGTAGACGGCCGGAGGTCGTTGGAAAATATGCCGAAGCTCTGAGTATTGCACTGTTGTTCTTTGATGTTCAGAAATCTGGTAAGTTGGAGAGGAGTAGGATTAGTTGGAGAGGAGATTCAGGTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784022.1
MDAEKHKLRGWKWWLTLLLITTLLMAAFYITLRREFRSFSVFNRSRRRPEVVGKYAEALSIALLFFDVQKSGKLERSRISWRGDSGLEDGKEENLDLSKGLYDAGDNVKFGLPMAFTATMLSWAILEYDEQMRRVKETQNAKDSLKWITDYLINAHPSPNVLYVQVGDPESDHKCWQRPEVTTTARPLTQVNSSYPGSDVAAETAAAMASASLVFRSTDTAYSRLLLKHARQLFTFADSYRGSYSESIPQVQKYYNSSGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器