Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002076`

染色体: Chr08 坐标: 18667164-18669309 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002076`
名称	SmilChr08G002076
描述	glutamate decarboxylase-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	18667164 - 18669309 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001579`
GeneID	`131001579`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001579`
原始查询	`LOC131001579`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glutamate decarboxylase-like
产物	glutamate decarboxylase-like
Arabidopsis	`AT5G17330` (GAD) glutamate decarboxylase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831599] identity=82.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0720300` (GDCi) - identity=81.6; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004351 (glutamate decarboxylase activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0006538 (L-glutamate catabolic process); GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding)
KEGG	smil00250 (Alanine, aspartate and glutamate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00410 (beta-Alanine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00430 (Taurine and hypotaurine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00650 (Butanoate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00282 (Pyridoxal_deC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001579

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057784045.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057784045.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057784045.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784045.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784045.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:18667336`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr8:18667483`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr8:18667782`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C76,D8
`Chr8:18667800`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr8:18667897`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C64
`Chr8:18667962`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,C39
`Chr8:18668117`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr8:18668149`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,A7,B135,B40,C33
`Chr8:18668343`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr8:18668378`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:18668486`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C76,D8
`Chr8:18668494`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,A7,B135,B40,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784045.1

497 aa

248

497

Pyridoxal_deC

PF00282 Pyridoxal_deC 33-381 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784045.1`	Pfam	`PF00282`	Pyridoxal_deC	Domain	33	381	3.3e-108	362.5	Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928062.1
TCCAACTCCCCTCTCTAAATATATAGTTTCAACTGTTCGATCGCCTCTACAGACGGATCGATAAATTAGTGTATTTTTTTTATATTATTTGAAAGGATTGAATGTTGTTTTAATTTGATAGAGAAGGTAAGCCATGGTTCTGTCCAAGACTACTTCCTCGACGGACGTTTCAGTTCACTCCACTTTCGCTTCTCGATATGTCCGGACTTGTCTTCCCAGGTTTAAGATGCCAGAAAACTCAATCCCAAAGGAAGCGGCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001579
ATGGTTCTGTCCAAGACTACTTCCTCGACGGACGTTTCAGTTCACTCCACTTTCGCTTCTCGATATGTCCGGACTTGTCTTCCCAGGTTTAAGATGCCAGAAAACTCAATCCCAAAGGAAGCGGCGCACCAAATCATAAACGACGAGTTGATGTTGGACGGCAATCCTCGCCTGAATCTGGCTTCGTTCGTGACAACGTGGATGGAGCCCGAGTGCGACAAGCTCATCATGTCCGCCATCAACAAAAACTACGTCGATAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784045.1
MVLSKTTSSTDVSVHSTFASRYVRTCLPRFKMPENSIPKEAAHQIINDELMLDGNPRLNLASFVTTWMEPECDKLIMSAINKNYVDMDEYPVTTELQNRCVNMIAHLFNAPLGEGEAAVGVGTVGSSEAIMLAGLAFKRKWQNKMKELGKPHDKPNIVTGANVQVCWEKFGRYFEVELKEVKLRDGYYVMDPDAAVEMVDENTICVAAILGSTLNGEFEDVKRLNDLLIQNNSKTGWDTPIHVDAASGGFIAPFVYPNLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器