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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002096

染色体: Chr08 坐标: 18845344-18848013 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002096
名称SmilChr08G002096
描述protein EARLY-RESPONSIVE TO DEHYDRATION 7, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向18845344 - 18848013 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001585
GeneID131001585
locus_tag-
NCBI NameLOC131001585
原始查询LOC131001585

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein EARLY-RESPONSIVE TO DEHYDRATION 7, chloroplastic-like
产物protein EARLY-RESPONSIVE TO DEHYDRATION 7%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G17840 (ERD7)
Senescence/dehydration-associated protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816293]
identity=57.6; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0717100
-
identity=53.9; qcov=0.861; evalue=1.56e-140; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane)
KEGGsmil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF06911 (Senescence)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001585

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057784053.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057784053.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784053.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784053.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784053.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:18845486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B6,D10
Chr8:18845491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B114,C37,C63
Chr8:18845581 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr8:18845608 G GCT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B48
Chr8:18845608 G GCT 2bp_insertion CDS_variant 1 B48
Chr8:18845615 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B48
Chr8:18845615 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 B48
Chr8:18845749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:18845767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr8:18845812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B81,B95
Chr8:18845833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr8:18845882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784053.1
474 aa
N
1
237
474
Senescence
C
PF06911 Senescence 272-458 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784053.1 Pfam PF06911 Senescence Family 272 458 1.5e-49 169.1 Senescence domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928070.1
AGCTTTCTTAATTTGCCCAACTGTCTCTCACGCGTCTCAATCTACATTTCCTCAATTTTATTTTCATCCTTTCAACAAGCAGTTGAATTTCCCCAAAACTCCAATTTCAGCAACAATGGCGTCGCAAGATCCAAACCCTAATCGGACCCCAATGTACCCCCAAATCGACCCGTATTACCCCGCCGCCCCTCCCATCCAAACTTCCTCTTCTTCATCTCTCTACCCCACCGTCGATATGGACGAGTTAAACAACCTTTTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001585
ATGGCGTCGCAAGATCCAAACCCTAATCGGACCCCAATGTACCCCCAAATCGACCCGTATTACCCCGCCGCCCCTCCCATCCAAACTTCCTCTTCTTCATCTCTCTACCCCACCGTCGATATGGACGAGTTAAACAACCTTTTTCCGTCGCCTTGGAGCGACGGAAACTCTCCGTCGGCGCCGCCGGAGTCCGTACAGGAGTCGTACATCACGATCCCTGGCGCGATCGTCCACCTCATCGACACGCACTACTCAGTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784053.1
MASQDPNPNRTPMYPQIDPYYPAAPPIQTSSSSSLYPTVDMDELNNLFPSPWSDGNSPSAPPESVQESYITIPGAIVHLIDTHYSVELAAGDLQIIRLFQGDNTVAVVAAVSDEIEWPLTKDLAAVKLDASHYFFSFRPPPEGEGSNSSDEDGAKKNKKKDKKKTKKKEKEKKKGEETAKKDNDVLSYGLTIVSKGQDGLLKELDAILETCSNFSVRKVEEKAVAGAAAAEISPFEWKTDEKKREEVKGQCAAYWTTLAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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