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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002036

染色体: Chr08 坐标: 18152109-18153740 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002036
名称SmilChr08G002036
描述beta-D-glucosyl crocetin beta-1,6-glucosyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向18152109 - 18153740 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001589
GeneID131001589
locus_tag-
NCBI NameLOC131001589
原始查询LOC131001589

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-D-glucosyl crocetin beta-1,6-glucosyltransferase-like
产物beta-D-glucosyl crocetin beta-1%2C6-glucosyltransferase-like
ArabidopsisAT5G65550 (AT5G65550)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836681]
identity=32.7; qcov=0.971; evalue=2.64e-66; confidence=low
RiceOs07g0672700
-
identity=42.9; qcov=1.05; evalue=2.38e-116; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001589

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057784068.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057784068.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784068.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784068.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784068.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:18152286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr8:18152738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr8:18152740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr8:18152833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:18152994 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C24
Chr8:18152994 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C24
Chr8:18153058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:18153201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr8:18153230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B27,C83
Chr8:18153263 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B44,B97,C26,C30
Chr8:18153279 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C60,C68
Chr8:18153287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,C58,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784068.1
453 aa
N
1
226
453
Glyco_transf_N
UDPGT
C
PF26168 Glyco_transf_N 11-231 aa PF00201 UDPGT 247-390 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784068.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 11 231 1.2e-08 35.9 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057784068.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 247 390 9.4e-18 65.0 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928085.1
TCTAAACCTTCCATACACAAACGGATAACGAAAGCAAACGAATTCTCCCGCATAAGGAAAAAATATTCTACCAAAAACGGAAACGCATTACAACCATGCCTTAAAAACTCCAAACTGGAAACATTGTCTGAATCTACTTATAAAATGTGATGATCCATCCATCCCCTCCCTACCTCAACACCAACAACCATCTCCAAGAATTTCGATGGATTCCTCAAACAGCGAAACCCGACACATCCTGATGTTCCCATGGCTGGCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001589
ATGGATTCCTCAAACAGCGAAACCCGACACATCCTGATGTTCCCATGGCTGGCGCACGGCCACATCTCCCCATATCTGGAGCTGGCGAAGCGCCTCTGCAAGCGCAACTTCGTGGTCCACCTCTGCTCCACATCCGCCAACTTCAAATCCATCGCCAACACTATGAGTGAGAAGCACGCCGCTTCCATCCACCTCGTCGAGCTCCGCCTCCCCACCTTATTCCTCAACCGCTCCCTCCACACCACCAACGGCCTCCCGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784068.1
MDSSNSETRHILMFPWLAHGHISPYLELAKRLCKRNFVVHLCSTSANFKSIANTMSEKHAASIHLVELRLPTLFLNRSLHTTNGLPPELMPRLKKTLDQAAPELCRVLAALSPDLLVYDFLQPWAPLAAAAHGVPAVEFITSSATMMAYLFHFFAKPHAAFPFDEIYYRKYEEPHRDKLLQGNAMVRRNAFHGVARSSHIVLIKGFREIESKYSDYLFDLLGKKVVAVGALVQEPSSVSHELEEGSNLIEWLDKKGKRST...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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