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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002004

染色体: Chr08 坐标: 17820719-17825749 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002004
名称SmilChr08G002004
描述senescence-associated protein SPA15, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向17820719 - 17825749 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001596
GeneID131001596
locus_tag-
NCBI NameLOC131001596
原始查询LOC131001596

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述senescence-associated protein SPA15, chloroplastic
产物senescence-associated protein SPA15%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G66330 (AT1G66330)
senescence-associated family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842950]
identity=66.1; qcov=0.903; evalue=2.04e-142; confidence=high
RiceOs05g0148700 (OSA15)
-
identity=63.2; qcov=0.812; evalue=1.4e-127; confidence=high
GOGO:0009507 (chloroplast); GO:0010150 (leaf senescence); GO:0034599 (cellular response to oxidative stress)
KEGG-
PfamPF28580 (OSA15_N); PF30979 (OSA15_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001596

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057784077.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057784077.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057784077.1
4 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057784077.1
5 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057784077.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:17822594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,C84
Chr8:17822614 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr8:17823139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C61
Chr8:17823483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr8:17823887 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:17825085 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr8:17825373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr8:17825497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784077.1
430 aa
N
1
215
430
OSA15_N
OSA15_C
C
PF28580 OSA15_N 114-212 aa PF30979 OSA15_C 315-426 aa
XP_057784078.1
430 aa
N
1
215
430
OSA15_N
OSA15_C
C
PF28580 OSA15_N 114-212 aa PF30979 OSA15_C 315-426 aa
XP_057784079.1
430 aa
N
1
215
430
OSA15_N
OSA15_C
C
PF28580 OSA15_N 114-212 aa PF30979 OSA15_C 315-426 aa
XP_057784080.1
430 aa
N
1
215
430
OSA15_N
OSA15_C
C
PF28580 OSA15_N 114-212 aa PF30979 OSA15_C 315-426 aa
XP_057784081.1
382 aa
N
1
191
382
OSA15_N
OSA15_C
C
PF28580 OSA15_N 77-164 aa PF30979 OSA15_C 267-378 aa
XP_057784082.1
382 aa
N
1
191
382
OSA15_N
OSA15_C
C
PF28580 OSA15_N 77-164 aa PF30979 OSA15_C 267-378 aa
XP_057784083.1
382 aa
N
1
191
382
OSA15_N
OSA15_C
C
PF28580 OSA15_N 77-164 aa PF30979 OSA15_C 267-378 aa
XP_057784084.1
382 aa
N
1
191
382
OSA15_N
OSA15_C
C
PF28580 OSA15_N 77-164 aa PF30979 OSA15_C 267-378 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784077.1 Pfam PF28580 OSA15_N Domain 114 212 1.6e-50 170.1 Senescence-associated protein OSA15 N-terminal domain
XP_057784077.1 Pfam PF30979 OSA15_C Domain 315 426 3e-53 179.6 Senescence-associated protein OSA15 C-terminal domain
XP_057784078.1 Pfam PF28580 OSA15_N Domain 114 212 1.6e-50 170.1 Senescence-associated protein OSA15 N-terminal domain
XP_057784078.1 Pfam PF30979 OSA15_C Domain 315 426 3e-53 179.6 Senescence-associated protein OSA15 C-terminal domain
XP_057784079.1 Pfam PF28580 OSA15_N Domain 114 212 1.6e-50 170.1 Senescence-associated protein OSA15 N-terminal domain
XP_057784079.1 Pfam PF30979 OSA15_C Domain 315 426 3e-53 179.6 Senescence-associated protein OSA15 C-terminal domain
XP_057784080.1 Pfam PF28580 OSA15_N Domain 114 212 1.6e-50 170.1 Senescence-associated protein OSA15 N-terminal domain
XP_057784080.1 Pfam PF30979 OSA15_C Domain 315 426 3e-53 179.6 Senescence-associated protein OSA15 C-terminal domain
XP_057784081.1 Pfam PF28580 OSA15_N Domain 77 164 1.7e-37 128.3 Senescence-associated protein OSA15 N-terminal domain
XP_057784081.1 Pfam PF30979 OSA15_C Domain 267 378 2.5e-53 179.9 Senescence-associated protein OSA15 C-terminal domain
XP_057784082.1 Pfam PF28580 OSA15_N Domain 77 164 1.7e-37 128.3 Senescence-associated protein OSA15 N-terminal domain
XP_057784082.1 Pfam PF30979 OSA15_C Domain 267 378 2.5e-53 179.9 Senescence-associated protein OSA15 C-terminal domain
XP_057784083.1 Pfam PF28580 OSA15_N Domain 77 164 1.7e-37 128.3 Senescence-associated protein OSA15 N-terminal domain
XP_057784083.1 Pfam PF30979 OSA15_C Domain 267 378 2.5e-53 179.9 Senescence-associated protein OSA15 C-terminal domain
XP_057784084.1 Pfam PF28580 OSA15_N Domain 77 164 1.7e-37 128.3 Senescence-associated protein OSA15 N-terminal domain
XP_057784084.1 Pfam PF30979 OSA15_C Domain 267 378 2.5e-53 179.9 Senescence-associated protein OSA15 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928094.1
CTGTTGAGTACATAATCTATCATATCAGTTCCTCTACTCTTCCCGCAATTATTTGATTTTATAAAATTAATTTTCTGGTTTTTGGTCAATGAAGGACTGATTTCATTACATAATTTCATATGGATCTAAACTTGGATCCTCCGCTTTGGATTGTGCAGATGATCCAACACGCATGCTATGTGTTTAGCAGTGCTTAAGTGCAAATTAAATATGGCGTAATGCATGAGAATGGGCCAATGGCGACGTCTGCTTCATTCTTC...
XM_057928095.1
CTGTTGAGTACATAATCTATCATATCAGTTCCTCTACTCTTCCCGCAATTATTTGATTTTATAAAATTAATTTTCTGGTTTTTGGTCAATGAAGGACTGATTTCATTACATAATTTCATATGGATCTAAACTTGGATCCTCCGCTTTGGATTGTGCAGATGATCCAACACGCATGCTATGTGTTTAGCAGTGCTTAAGTGCAAATTAAATATGGCGTAATGCATGAGAATGGGCCAATGGCGACGTCTGCTTCATTCTTC...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131001596
ATGGCTAAAGTAAATGGGGTTGTTTATTCATCCGCAAAATCACCACAGCACCCTAAGTATATCACAAACCAAGGAGCAAACCATCATCGACAGGGAACAGGACATCTATCGCTGTCTAACCTGAAAATCAGTTCAAAGCGATTCTGGCCTTTAGGTCGGAAATTGAATGTATATATTGAATCACGAGGATTTTCTTTGGTATGCCAATCAACAGAAACACAGAATACAGAAACAAAAGAGCGTGTGAGGCACTACCGTGA...
LOC131001596
ATGGCTAAAGTAAATGGGGTTGTTTATTCATCCGCAAAATCACCACAGCACCCTAAGTATATCACAAACCAAGGAGCAAACCATCATCGACAGGGAACAGGACATCTATCGCTGTCTAACCTGAAAATCAGTTCAAAGCGATTCTGGCCTTTAGGTCGGAAATTGAATGTATATATTGAATCACGAGGATTTTCTTTGGTATGCCAATCAACAGAAACACAGAATACAGAAACAAAAGAGCGTGTGAGGCACTACCGTGA...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057784077.1
MAKVNGVVYSSAKSPQHPKYITNQGANHHRQGTGHLSLSNLKISSKRFWPLGRKLNVYIESRGFSLVCQSTETQNTETKERVRHYRDGSVISRSQSGDEHPIETGKTNSSSQGLAEACKFVSNDAKFMNERARNDIVLLSRGIMKLDARARQDVAFLGSEFLKLDARAREDTEKIDLDVKKRAERLHHVATILKNIAESRLKRAADKHWSDGALEADLKRANFAAKRRVMEDSLMALEFLKNIHDMMVSKMQRSKRDPTG...
XP_057784078.1
MAKVNGVVYSSAKSPQHPKYITNQGANHHRQGTGHLSLSNLKISSKRFWPLGRKLNVYIESRGFSLVCQSTETQNTETKERVRHYRDGSVISRSQSGDEHPIETGKTNSSSQGLAEACKFVSNDAKFMNERARNDIVLLSRGIMKLDARARQDVAFLGSEFLKLDARAREDTEKIDLDVKKRAERLHHVATILKNIAESRLKRAADKHWSDGALEADLKRANFAAKRRVMEDSLMALEFLKNIHDMMVSKMQRSKRDPTG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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