当前解析结果
SmilChr01G001132| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001132 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001132 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G001132 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 23009624 - 23010725 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001606 |
|---|---|
| GeneID | 131001606 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001606 |
| 原始查询 | LOC131001606 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os04g0191000- identity=38.7; qcov=0.321; evalue=2.15e-08; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001606 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057784151.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057784151.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784151.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784151.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057784151.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:23009627 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 38 | A1,A13,A24,A3,A7,B101,B108,B114,B115,B128,B130,B131,B20,B25,B3,B33,B48,B56,B66,B73,B86,B96,B98,C11,C15,C23,C36,C38,C49,C53,C57,C59,C60,C69,C78,C80,D2,D7 |
Chr1:23010172 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr1:23010184 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A10 |
Chr1:23010219 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B49,B93 |
Chr1:23010219 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B49,B93 |
Chr1:23010232 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,B63 |
Chr1:23010248 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B30,B63 |
Chr1:23010270 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,B96 |
Chr1:23010271 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C39,C62 |
Chr1:23010291 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B65,C39 |
Chr1:23010318 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B19 |
Chr1:23010325 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B114,B56,B96,C53,C57 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。