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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002013

染色体: Chr08 坐标: 17878739-17880536 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002013
名称SmilChr08G002013
描述GDSL esterase/lipase At5g37690
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向17878739 - 17880536 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001615
GeneID131001615
locus_tag-
NCBI NameLOC131001615
原始查询LOC131001615

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At5g37690
产物GDSL esterase/lipase At5g37690
ArabidopsisAT5G37690 (AT5G37690)
SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833748]
identity=64.6; qcov=0.932; evalue=4.21e-175; confidence=high
RiceOs06g0257600 (OsGELP82)
-
identity=55.7; qcov=0.856; evalue=1.27e-140; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001615

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057784126.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057784126.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784126.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784126.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784126.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:17878881 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B44
Chr8:17878881 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B44
Chr8:17878984 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:17879019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,C84
Chr8:17879227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr8:17879241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B90,B92,D11
Chr8:17879450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr8:17879658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,C84
Chr8:17879661 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr8:17879869 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr8:17879877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,B54
Chr8:17879986 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784126.1
382 aa
N
1
191
382
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 56-365 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784126.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 56 365 1.1e-36 127.6 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928143.1
CAATTTGAAGAGAAATGATCAACTACCTATTGATCACACTGCATGCTCTAAAAACTAAGAGAAATCTAACCACCTAATATGAGGAACAACCGGTGAAAATGGGCACGACTCATGCACCCATCACTTGGTATAAATTTGTGGCATTTGAAGAGAAATTCCAGCTGCAAGTGATGGTGAAATTAATGGGAGGAGAGGTGGCGATGGCGATGATGTTGATGGTGATGTTTGGTGCAGCTTCAGGTTCAGCGTCGGCGTTGGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001615
ATGGGCACGACTCATGCACCCATCACTTGGTATAAATTTGTGGCATTTGAAGAGAAATTCCAGCTGCAAGTGATGGTGAAATTAATGGGAGGAGAGGTGGCGATGGCGATGATGTTGATGGTGATGTTTGGTGCAGCTTCAGGTTCAGCGTCGGCGTTGGTGACGTTCGTGTTCGGGGACTCGCTGACAGAAGTGGGGAACAACAACTACCTGCAGCTCTCCCTCGCCAAGTCCAACTATCCTTACTACGGCATCGACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784126.1
MGTTHAPITWYKFVAFEEKFQLQVMVKLMGGEVAMAMMLMVMFGAASGSASALVTFVFGDSLTEVGNNNYLQLSLAKSNYPYYGIDFEAAKPTGRFTNGRTIGDIISAKLGIPAPPPYLSLSPTDDLILKGVNYASGGAGILNHTGLYFIERLSFDDQIEKFKSTKQSMRTKIGDEASNKLCNEAVYFIGIGSNDYVNNFLQPFQADGQQFTHDEFLELLISTLAEQLMRLYEVGARKMIFHGLGPLGCIPSQRMKSSRG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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