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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002172

染色体: Chr08 坐标: 19644110-19649260 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002172
名称SmilChr08G002172
描述elongator complex protein 5
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19644110 - 19649260 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001620
GeneID131001620
locus_tag-
NCBI NameLOC131001620
原始查询LOC131001620

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述elongator complex protein 5
产物elongator complex protein 5
ArabidopsisAT2G18410 (AT2G18410)
elongator complex protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816356]
identity=50.8; qcov=0.992; evalue=5.03e-115; confidence=high
RiceOs03g0201700
-
identity=43.9; qcov=1.01; evalue=4.07e-96; confidence=medium
GOGO:0000049 (tRNA binding); GO:0002098 (tRNA wobble uridine modification); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0033588 (elongator holoenzyme complex)
KEGG-
PfamPF10483 (Elong_Iki1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001620

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057784137.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057784137.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057784137.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057784137.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784137.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19645878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,B91,C7
Chr8:19646089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B60,B76
Chr8:19646090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B26,B41,C77
Chr8:19646312 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C21
Chr8:19646312 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr8:19646359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B60,B76
Chr8:19648036 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,B91,C7
Chr8:19648060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr8:19648116 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr8:19648348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,B91,C7
Chr8:19648874 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B99,C87
Chr8:19648874 G GT 1bp_insertion CDS_variant 2 B99,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784137.1
371 aa
N
1
186
371
Elong_Iki1
C
PF10483 Elong_Iki1 125-308 aa
XP_057784138.1
371 aa
N
1
186
371
Elong_Iki1
C
PF10483 Elong_Iki1 125-308 aa
XP_057784139.1
371 aa
N
1
186
371
Elong_Iki1
C
PF10483 Elong_Iki1 125-308 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784137.1 Pfam PF10483 Elong_Iki1 Family 125 308 2.1e-15 57.7 Elongator subunit Iki1
XP_057784138.1 Pfam PF10483 Elong_Iki1 Family 125 308 2.1e-15 57.7 Elongator subunit Iki1
XP_057784139.1 Pfam PF10483 Elong_Iki1 Family 125 308 2.1e-15 57.7 Elongator subunit Iki1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928154.1
GGGACGGAGGGAAGGGAGTAATAAATTAAAATAATAATGAAATACTAACAAAGAAAACTACCAGACCTTGTTCTGTCGCGTGGTTCTCTCTCTCAGAAAATCTAAACTCGCGCCGCCCTTACTATCTGGCGCTGTGGTCGCCGATTAACCTCGCCACCGCCCCTAGCTCGCTGCTACAATCCCTAACTCTCTCTCACGTGCATAACTCACTCTTTCTCACGCCCTAACTCCGCCGCCCCACCCTCTCGATGCCGCCGTTG...
XM_057928155.1
GGGACGGAGGGAAGGGAGTAATAAATTAAAATAATAATGAAATACTAACAAAGAAAACTACCAGACCTTGTTCTGTCGCGTGGTTCTCTCTCTCAGAAAATCTAAACTCGCGCCGCCCTTACTATCTGGCGCTGTGGTCGCCGATTAACCTCGCCACCGCCCCTAGCTCGCTGCTACAATCCCTAACTCTCTCTCACGTGCATAACTCACTCTTTCTCACGCCCTAACTCCGCCGCCCCACCCTCTCGATGCCGCCGTTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131001620
ATGGCAGAATGGATTTGCAGGACGCTGCGAGACGGTGGCTTAGAAGGGGAGCATGCCCCCGCTCTCACCATCAATGACACAATCACCTGCTCTTTAGGTTCCTTTGTCTTCGATCACATCCTCTCTCAGCTTTCCTCCTTCATTGACTCCCAAAAATCTCTATCAAGTGGCATTGTGTTGGTTGCATTGTCGCGGAGTCCTTTGTACTATGAAAAATTGTTGAAGAGCAAAGGATACGACGTCTCTACAAGTACATGGTT...
LOC131001620
ATGGCAGAATGGATTTGCAGGACGCTGCGAGACGGTGGCTTAGAAGGGGAGCATGCCCCCGCTCTCACCATCAATGACACAATCACCTGCTCTTTAGGTTCCTTTGTCTTCGATCACATCCTCTCTCAGCTTTCCTCCTTCATTGACTCCCAAAAATCTCTATCAAGTGGCATTGTGTTGGTTGCATTGTCGCGGAGTCCTTTGTACTATGAAAAATTGTTGAAGAGCAAAGGATACGACGTCTCTACAAGTACATGGTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057784137.1
MAEWICRTLRDGGLEGEHAPALTINDTITCSLGSFVFDHILSQLSSFIDSQKSLSSGIVLVALSRSPLYYEKLLKSKGYDVSTSTWFKVLDCYTDPLGWKSKLMNNGSIANDSLGSSVTVKLCKNVKDLDGLLSLILQLGKELSADGKGRFVVAIDSVSEMLRHASVSSVASLLSELRSHGQVSSLFWLLHSDLHESRATAALEYMSSMKATLEQMVQPVDGLRGNSVSLSLMEHNLRRGKFSVHVKRRNGRVRMMVEEL...
XP_057784138.1
MAEWICRTLRDGGLEGEHAPALTINDTITCSLGSFVFDHILSQLSSFIDSQKSLSSGIVLVALSRSPLYYEKLLKSKGYDVSTSTWFKVLDCYTDPLGWKSKLMNNGSIANDSLGSSVTVKLCKNVKDLDGLLSLILQLGKELSADGKGRFVVAIDSVSEMLRHASVSSVASLLSELRSHGQVSSLFWLLHSDLHESRATAALEYMSSMKATLEQMVQPVDGLRGNSVSLSLMEHNLRRGKFSVHVKRRNGRVRMMVEEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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