Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001993`

染色体: Chr08 坐标: 17663968-17666550 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001993`
名称	SmilChr08G001993
描述	geraniol dehydrogenase 1
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	17663968 - 17666550 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001627`
GeneID	`131001627`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001627`
原始查询	`LOC131001627`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	geraniol dehydrogenase 1
产物	geraniol dehydrogenase 1
Arabidopsis	`AT4G39330` (CAD9) cinnamyl alcohol dehydrogenase 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830088] identity=63.5; qcov=0.997; evalue=1.01e-167; confidence=high
Rice	`Os10g0430200` (OsCAD3) - identity=58.4; qcov=0.961; evalue=1.32e-145; confidence=high
GO	GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009809 (lignin biosynthetic process); GO:0045551 (cinnamyl-alcohol dehydrogenase activity)
KEGG	smil00902 (Monoterpenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00107 (ADH_zinc_N); PF08240 (ADH_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001627

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057784149.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057784149.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057784149.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784149.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784149.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:17664207`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr8:17664256`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84
`Chr8:17664273`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr8:17664513`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B5,B93,C19,C51,C77
`Chr8:17664791`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B70,C61,D10
`Chr8:17664874`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr8:17665845`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138
`Chr8:17665954`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784149.1

360 aa

180

360

ADH_N

ADH_zinc_N

PF08240 ADH_N 37-154 aa PF00107 ADH_zinc_N 194-317 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784149.1`	Pfam	`PF08240`	ADH_N	Domain	37	154	2.8e-26	92.5	Alcohol dehydrogenase GroES-like domain
`XP_057784149.1`	Pfam	`PF00107`	ADH_zinc_N	Domain	194	317	1.3e-21	77.6	Zinc-binding dehydrogenase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928166.1
TCATCGCCAATCCATTTTAGAGGCTCAGCAATCTCAACTTGTCTATTCTCTATAGCTCGTTCATCGACAATGTGCTAATGTTTGACATTTCAGAGCATACCACAAATAATACCTCCACCGCTAGGCTGTAGAGTTCGTAACCATTTTTATAATGCCAAAGATGAGTGTAGATTTTGTGTGAAAAAAAGGTGTTTTAAATCCATTAATCAAGTAGTTGCGTAATTGCGTCTACTCTCCCCCTACGGATAACGCCACTAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001627
ATGGCGAAAACCCCAGAAACAGAGCACCCAGTGAAGGTCTTCGGATGGGCAGCCAGTGACAATTCTGGAAGCTTGTCTCCATTCAAGTTTTCTAGGAGGGCTACTGGTGAGAGTGATGTGCAATTCAAGGTTTTGTACTGTGGCGTTTGTCACTCAGATCTGCACATGGTCAAGAATGAGTGGGGCGTTACTCACTACCCGATTGTTCCCGGGCATGAAATAGTGGGAATTGTAACTGAAGTTGGTAACAAGGTGGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784149.1
MAKTPETEHPVKVFGWAASDNSGSLSPFKFSRRATGESDVQFKVLYCGVCHSDLHMVKNEWGVTHYPIVPGHEIVGIVTEVGNKVEKVKVGDKVGVGVLVGSCRHCDQCSNDLENYCSKQILTYGAPYLDGTITRGGYSNIMVADEHFIIRWPENFPLDAGAPLLCAGITTYSPLRYFGLDKPGLRVGVNGLGGLGHVAVKFAKAFGTKVTVISTSLSKKKEAIEHLGVDEFLVSRDPEQMQAAIGTLDGIIDTVSASHP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器