当前解析结果
SmilChr08G002041| 统一基因 ID | SmilChr08G002041 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002041 |
| 描述 | transcription repressor KAN1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 18233249 - 18237400 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001634 |
|---|---|
| GeneID | 131001634 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC131001634 |
| 原始查询 | LOC131001634 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription repressor KAN1-like |
| 产物 | transcription repressor KAN1-like |
| 拟南芥 | AT5G16560 (KAN)Homeodomain-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831518] identity=48.54; qcov=0.813; evalue=4.45e-70; confidence=high |
| 水稻 | Os09g0395300 (RL9)- identity=50.22; qcov=0.575; evalue=7.86e-56; confidence=medium |
| GO | GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0010158 (abaxial cell fate specification) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00249 (Myb_DNA-binding) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001634 |
预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞核 | 1.00000 | XP_057784163.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:18233600 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr8:18236838 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,B45 |
Chr8:18236894 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784163.1PF00249
Myb_DNA-binding 166-217 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784163.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 166 | 217 | 2.1e-06 | 28.4 | Myb-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。